履歴：Firefoxには無極性接続の問題があります。 Firefoxは無効なプログラムを使用してダウンロードしたファイルを開きます。 ~/.local/share/applications/mimeapps.list を削除しましたが、動作します。
これで、問題がCalibreとChromiumに移されたことを確認しました。たとえば、cbrファイルはevinceではなくfile-rollerとして開き、ディレクトリはFirefoxで開きます。
ファイルブラウザ（PCManFM）とのMime接続は以前もうまく機能し、今でもうまく機能します。私はLubuntu 13.10を使用しています。
答え1
Calibreの使用中にこの問題が発生し、解決策が見つかりました。この記事はJacek Bzdakによって書かれました。。 Calibreがファイルを開くために使用するツールであるxdg-utilsのmimetype接続を変更する必要があります。
問題のファイルのMIMEタイプを取得します。これは、xdg-utilsコマンドのいずれかを使用して実行できます
xdg-mime。xdg-mime query filetype <filename>.desktop使用したいアプリケーションのファイルを見つけます。 *buntu では になければなりません/usr/share/applications。このファイルをデフォルト値として指定します。（
xdg-mime default myapp.desktop application/x-whatever絶対/相対パスは不要で、.desktopファイル名のみが必要です）
（今から2年後には役に立たないようですが、私にとってはGoogleで最も高い検索結果の1つなので、他の人がこの内容が役に立つと思うかもしれません。）
編集：見つからないdefaultキーワードを修正しました。 @Marco Sullaに感謝します。