答え1
UbuntuでさまざまなPDFリーダーを試してみました。一部はコメントを提供しますが、ファイルに直接保存せずにいくつかのメカニズムを使用します。これがokularで行ったメモ、ハイライトを他のPDFビューアで見ることができない理由です。最良の方法は、ワインと一緒にFoxitリーダーをインストールすることです。
私が知っている限り、UbuntuにはPDFに注釈を付けることができる基本的なアプリケーションはありません。
答え2
最新の Okular バージョン (私の場合は 20.12.3) は正しくコメントを付け、他の外部プログラムでコメントを見ることができます。