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異なる区切り文字を使用して異なるフィールドをリンクする

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異なる区切り文字を使用して異なるフィールドをリンクする

次のようにタブ区切りのファイルがあります。

chr1    53736473        54175786
chr1    56861276        56876438
chr1    57512145        57512200

次のように3つのフィールド結果をリンクしたいと思います。

chr1:53736473-54175786
chr1:56861276-56876438
chr1:57512145-57512200

私はそれを試しましたが、paste -d ':-' file明らかに動作しません。誰でも助けることができますか？

理想的には、単純なUnixコマンドを使用することです。高級言語を使用するのはかなり簡単であることを知っています。

答え1

sedを使用してください：

$ sed 's/\(.*\)\t\(.*\)\t/\1:\2-/' file

chr1:53736473-54175786
chr1:56861276-56876438
chr1:57512145-57512200

印刷：

printf "%s:%s-%s\n" $(< file)

chr1:53736473-54175786
chr1:56861276-56876438
chr1:57512145-57512200

答え2

あなたの例では、

awk '{print $1":"$2"-"$3}' your_file

動作しますが、常に3つのフィールドがあるとします。

答え3

2つの式を使用できますsed。

sed -e "s/\t/,/" -e "s/\t/-/" your_file

答え4

そして：pasteprintf

$ printf '%s\n%s\n%s\n' $(cat file) | paste -sd ':-\n' -
chr1:53736473-54175786
chr1:56861276-56876438
chr1:57512145-57512200

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