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Biopieces用のRubyとgemをインストールした後、Linuxの「make」コマンドは失敗します。

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Biopieces用のRubyとgemをインストールした後、Linuxの「make」コマンドは失敗します。

私たちはそれを試したいバイオフィルムツール、aoを実行した後、RubyやPerlなどの特定の依存関係が必要です。インストーラしたがって、一部のRuby gemをインストールすると、通常のLinux 'make'コマンドを実行できなくなります。

~$ make

/var/lib/gems/1.9.1/gems/make-0.3.1/bin/make:1:in `top (required)>': uninitialized constant ELF (NameError)
        from /usr/local/bin/make:23:in `load'
        from /usr/local/bin/make:23:in `<main>'

ルートディレクトリ/usr/bin/makeを指定すると機能します。

現在、私たちはバイオオフィスを使用しておらず、すべてを取り除くことができます。この問題を解決して以前の状態に戻ることはできますか？

答え1

上記のリンクを見ると、ruby_installer.sh次に終わるのがわかります。

echo "All done. Now append the following to your ~/.bashrc file:"
echo "export PATH=\"$ruby_dir/bin:\$PATH\""
echo "Done"

これは、シェルがプログラムを見つけようとする最初の場所が$ruby_dir/bin（たとえば）であることを意味します。/usr/local/myruby/bin

/usr/local/myruby/binこれを変更するには、PATH変数をエコーし​​、最後に確認された場所になるように変更します。たとえば、

# echo $PATH
/usr/local/myruby/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

# export PATH=/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin:/usr/local/myruby/bin

# echo $PATH
/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin:/usr/local/myruby/bin

.bashrcそして、スクリプトで指定されたPATHを再変更することを忘れないでください。

答え2

私たちが受け取った答えとコメントを組み合わせて問題を解決しました。まず、「make」がで呼び出されており、以前に表示されていることを/usr/local/bin確認してください。それからRuby 'make'を削除しました。ステップバイステップの方法は次のとおりです。/usr/binPATH/usr/local/bin

$ which make
$ echo $PATH
$ gem uninstall -a -x make; hash -r;

今私たちのLinux 'make'が動作します;-)

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