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行数に基づいてファイルを選択し、結果を操作します。

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行数に基づいてファイルを選択し、結果を操作します。

同じ形式のファイルがたくさんあります。

line 1: Gene ID
line 2: chromosomal position
line 3 - x: names of genetic variants)

少なくとも5つのバリエーションを含むファイル（つまり、合計行が少なくとも10行以上のファイル）のみを選択したいと思います。ファイルに5つ以上のバリエーションがある場合は、最初の2行以外の内容を新しいファイルに書きたいと思います。以下に、2つのサンプル入力ファイルfoo1もありますfoo2。

foo1：

echo {885743,4:139381:3783883,rs93487,rs82727,rs111} | tr " " "\n" > foo1

金持ち2：

echo {10432,1:3747548:2192993,rs10204,rs262222,rs436363,rs3636,rs9878,rs11856} | tr " " "\n" > foo2

必要な出力ファイル（この場合はファイルが1つだけで、実際には複数の別々の出力ファイルがあります）：foo2.checked以下のように：

rs10204
rs262222
rs436363
rs3636
rs9878
rs11856

答え1

名前に興味深い文字を含むファイルがないとします。

 for file in *
 do
    line=$(wc -l < "$file' )
    if [ $line -ge 10 ]
    then
       tail -n +3 <"$file" > "${file}.checked"
    fi
 done

これはデフォルトで各ファイルの行数を計算し、10行以上の行がある場合は3番目のファイルからすべての行を印刷します。

答え2

 # for each file in the current directory you can refine the ls command to match 
 # only the files you want. or if in a script file pass in the file list 
 for file in *
 do
    # if the file has more than 10 lines.
    if (( $(<"${file}" wc -l) > 10 )); then
       # print line 3 to end of file and pipe it to a file with the same
       # name as the input file with the added .checked at the end.
       sed -n '3,$p' -- "${file}" > "${file}.checked"
    fi
 done

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