☰

特定の列の内容の分割

tag-icon • tag-icon text-processing columns split
特定の列の内容の分割

2番目の列の内容を2つの列に分割する必要がありますfile。たとえば、次のようになります。

Id  allele  id2
30  TC  12      
211 GG  12      
327 AA  13      
688 TC  15      
760 TT  18      
868 CC  90

出力は次のようになります。

Id  allele1 allele2 id2
30  T   C   12      
211 G   G   12      
327 A   A   13      
688 T   C   15      
760 T   T   18      
868 C   C   90

答え1

そしてawk：

awk 'NR==1{$2=$2"1 "$2"2"} NR!=1{split($2,a,""); $2=a[1]" "a[2];}1' file
  • NR==1最初の行にのみ適用
    • $2=...：2番目のフィールドをタイトルに再フォーマットします。allele1 allele2
  • NR!=1他のすべての行に適用されます。
    • split($2,a,"")$2配列の2番目のフィールドの分割a
    • $2=a[1]" "a[2];：2つの分割値を使用しa[1]、2番目のフィールドの形式を再指定しますa[2]。
  • 1最後の条件がtrueで、awk行全体（アクション）が印刷されます。

列にリストするには、これを使用しますawk ... | column -t。出力は次のとおりです。

Id   allele1  allele2  id2
30   T        C        12
211  G        G        12
327  A        A        13
688  T        C        15
760  T        T        18
868  C        C        90

答え2

ここに別のものがありますsed：

sed '1!s/  *./&\t/;t
       s/a.*e/&1 &2/          
'    <infile >outfile

実際の使用が必要な場合があります。<タブ>\tここで使用されているエスケープ文字の代わりに文字を使用してください。

この方法は、列がスペースで区切られた場合に機能します。もし彼らが実際に<タブ>文字は列を分割するため、少し変更する必要があります。

sed '1!s/\t./&\t/;t
       s/a.*e/&1 &2/          
'    <infile >outfile

...テキストが必要な場合があるという前の注意と同じ<タブ>バックスラッシュエスケープを置き換えます\。

Id      allele1 allele2 id
30      T       C       12
211     G       G       12
327     A       A       13
688     T       C       15
760     T       T       18
868     C       C       90

答え3

$ cat file|sed -e 's,\([^ ]*\)[ ]*\(.\)\(.\),\1 \2 \3,' -e '1 s/a llele/allele1 allele2/'
Id allele1 allele2 id2
30 T C  12
211 G G  12
327 A A  13
688 T C  15
760 T T  18
868 C C  90

答え4

パールの使用：

perl -lane '$,="  ";@F[1]=~s/./$&  /;print(@F)' in

 cat in
30  TC  12      
211 GG  12      
327 AA  13      
688 TC  15      
760 TT  18      
868 CC  90 
% perl -lane '$,="  ";@F[1]=~s/./$&  /;print(@F)' in
30  T  C  12
211  G  G  12
327  A  A  13
688  T  C  15
760  T  T  18
868  C  C  90

関連情報