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各文字列の間に改行を維持しながら、部分文字列から長い文字列を作成します。

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各文字列の間に改行を維持しながら、部分文字列から長い文字列を作成します。

次の文字列を含むファイルがあります。

GTACGACGGAGTGTTATAAGATGGGAAATCGGATACCAGATGAAATTGTGGATCGGTGCAAAA
GTCGGCAGATATCGTTGAAGTCATAGGTGATTATGTTCAATTAAAGAAGCAAGGCCGAAACTAC
TTTGGACTCTGTCCTTTTCATGGAGAAAGCACACCTTCGTTTTCCGTATCGCCCGACAAACAGAT
TTTTCATTGCTTTGGCTGCGGAGCGGGCGGCAATGTTTTCTCTTTTTTAAGGCAGATGGAAGGCT
ATTCTTTTGCCGAGTCGGTTTCTCACCTTGCTGACAAATACCAAATTGATTTTCCAGATGATATAA
CAGTCCATTCCGGAGCCCGGCCAGAG      

TCTTCTGGAGAACAAAAAATGGCTGAGGCACATGAGCTCCTGAAGAAATTTTACCATCATTTGT
TAATAAATACAAAAGAAGGTCAAGAGGCACTGGATTATCTGCTTTCTAGGGGCTTTACGAAAGA
GCTGATTAATGAATTTCAGATTGGCTATGCTCTTGATTCTTGGGACTTTATCACGAAA

CCGCTGTATTCTCAGCCAAGCGGTATAGTCTCCGCTGTATTCTCAGCCCCAGCCGTTCCACTCAG
AGGAACTTTAAAGGATGTTCCTGTTGAGGGCTCATCATCGTCATCGTCATCATCATCATCATCAT
CATCATCATCATCATCAACATCAACCGTCGCACCAGCAAATAAGGCAAGAACTGGAGAAGACGC
AGAAGGCAGTCAAGATTCTAGTGGTACTGAAGCTTCTGGTAGCCAGGGTTCTGAAGAGGAAGG
TAGTGAAGACGATGGCCAAACTAGTGCTGCTTCCCAACCCACTACTCCAGCTCAAAGTGAAGGC
GCAACTACCGAAACCATAGAAGCTACTCCAAAAGAAGAATGCGGCACTTCATTTGTAATGTGGT

私はこれを空の行で区切られた3つの長い文字列として欲しいです。つまり、次のようになります。

  GTACGACGGAGTGTTATAAGATGGGAAATCGGATACCAGATGAAATTGTGGATCGGTGCAAAAGTCGGCAGATATCGTTGAAGTCATAGGTGATTATGTTCAATTAAAGAAGCAAGGCCGAAACTACTTTGGACTCTGTCCTTTTCATGGAGAAAGCACACCTTCGTTTTCCGTATCGCCCGACAAACAGATTTTTCATTGCTTTGGCTGCGGAGCGGGCGGCAATGTTTTCTCTTTTTTAAGGCAGATGGAAGGCTATTCTTTTGCCGAGTCGGTTTCTCACCTTGCTGACAAATACCAAATTGATTTTCCAGATGATATAACAGTCCATTCCGGAGCCCGGCCAGAG

  TCTTCTGGAGAACAAAAAATGGCTGAGGCACATGAGCTCCTGAAGAAATTTTACCATCATTTGTTAATAAATACAAAAGAAGGTCAAGAGGCACTGGATTATCTGCTTTCTAGGGGCTTTACGAAAGAGCTGATTAATGAATTTCAGATTGGCTATGCTCTTGATTCTTGGGACTTTATCACGAAA

  CCGCTGTATTCTCAGCCAAGCGGTATAGTCTCCGCTGTATTCTCAGCCCCAGCCGTTCCACTCAGAGGAACTTTAAAGGATGTTCCTGTTGAGGGCTCATCATCGTCATCGTCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAACATCAACCGTCGCACCAGCAAATAAGGCAAGAACTGGAGAAGACGCAGAAGGCAGTCAAGATTCTAGTGGTACTGAAGCTTCTGGTAGCCAGGGTTCTGAAGAGGAAGGTAGTGAAGACGATGGCCAAACTAGTGCTGCTTCCCAACCCACTACTCCAGCTCAAAGTGAAGGCGCAACTACCGAAACCATAGAAGCTACTCCAAAAGAAGAATGCGGCACTTCATTTGTAATGTGGT

Unixでこの問題を解決する方法。 awkとsedを試してみましたが、目的の結果が得られませんでした。

答え1

sed -e:t -e'N;/\n$/!s/\n//;$!tt' <in >out

これは、各反復に挿入されたewline文字のN後にパターンスペースに追加の行を追加します。改行文字がパターンスペースの最後の文字ではない\n場合（追加された行が空白のように）、挿入された改行文字が置き換えられます。最後の行ではなくすべての入力行を正常に置き換えようとし、必要に応じてテストタグに分岐して追加の行を再インポートします。\n!$s///!$t:N

結果:

GTACGACGGAGTGTTATAAGATGGGAAATCGGATACCAGATGAAATTGTGGATCGGTGCAAAAGTCGGCAGATATCGTTGAAGTCATAGGTGATTATGTTCAATTAAAGAAGCAAGGCCGAAACTACTTTGGACTCTGTCCTTTTCATGGAGAAAGCACACCTTCGTTTTCCGTATCGCCCGACAAACAGATTTTTCATTGCTTTGGCTGCGGAGCGGGCGGCAATGTTTTCTCTTTTTTAAGGCAGATGGAAGGCTATTCTTTTGCCGAGTCGGTTTCTCACCTTGCTGACAAATACCAAATTGATTTTCCAGATGATATAACAGTCCATTCCGGAGCCCGGCCAGAG

TCTTCTGGAGAACAAAAAATGGCTGAGGCACATGAGCTCCTGAAGAAATTTTACCATCATTTGTTAATAAATACAAAAGAAGGTCAAGAGGCACTGGATTATCTGCTTTCTAGGGGCTTTACGAAAGAGCTGATTAATGAATTTCAGATTGGCTATGCTCTTGATTCTTGGGACTTTATCACGAAA

CCGCTGTATTCTCAGCCAAGCGGTATAGTCTCCGCTGTATTCTCAGCCCCAGCCGTTCCACTCAGAGGAACTTTAAAGGATGTTCCTGTTGAGGGCTCATCATCGTCATCGTCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAACATCAACCGTCGCACCAGCAAATAAGGCAAGAACTGGAGAAGACGCAGAAGGCAGTCAAGATTCTAGTGGTACTGAAGCTTCTGGTAGCCAGGGTTCTGAAGAGGAAGGTAGTGAAGACGATGGCCAAACTAGTGCTGCTTCCCAACCCACTACTCCAGCTCAAAGTGAAGGCGCAACTACCGAAACCATAGAAGCTACTCCAAAAGAAGAATGCGGCACTTCATTTGTAATGTGGT

答え2

$ awk '/./{printf "%s",$0;next} {print "\n";} END{if (/./)print""}' file
GTACGACGGAGTGTTATAAGATGGGAAATCGGATACCAGATGAAATTGTGGATCGGTGCAAAAGTCGGCAGATATCGTTGAAGTCATAGGTGATTATGTTCAATTAAAGAAGCAAGGCCGAAACTACTTTGGACTCTGTCCTTTTCATGGAGAAAGCACACCTTCGTTTTCCGTATCGCCCGACAAACAGATTTTTCATTGCTTTGGCTGCGGAGCGGGCGGCAATGTTTTCTCTTTTTTAAGGCAGATGGAAGGCTATTCTTTTGCCGAGTCGGTTTCTCACCTTGCTGACAAATACCAAATTGATTTTCCAGATGATATAACAGTCCATTCCGGAGCCCGGCCAGAG      

TCTTCTGGAGAACAAAAAATGGCTGAGGCACATGAGCTCCTGAAGAAATTTTACCATCATTTGTTAATAAATACAAAAGAAGGTCAAGAGGCACTGGATTATCTGCTTTCTAGGGGCTTTACGAAAGAGCTGATTAATGAATTTCAGATTGGCTATGCTCTTGATTCTTGGGACTTTATCACGAAA

CCGCTGTATTCTCAGCCAAGCGGTATAGTCTCCGCTGTATTCTCAGCCCCAGCCGTTCCACTCAGAGGAACTTTAAAGGATGTTCCTGTTGAGGGCTCATCATCGTCATCGTCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAACATCAACCGTCGCACCAGCAAATAAGGCAAGAACTGGAGAAGACGCAGAAGGCAGTCAAGATTCTAGTGGTACTGAAGCTTCTGGTAGCCAGGGTTCTGAAGAGGAAGGTAGTGAAGACGATGGCCAAACTAGTGCTGCTTCCCAACCCACTACTCCAGCTCAAAGTGAAGGCGCAACTACCGAAACCATAGAAGCTACTCCAAAAGAAGAATGCGGCACTTCATTTGTAATGTGGT

予想される出力には5本のラインがあり、そのうち2本は空です。

$ awk '/./{printf "%s",$0;next} {print "\n";} END{if (/./)print""}' file | wc -l
5

どのように動作しますか？

  • /./{printf "%s",$0;next}

    現在の行に1つ以上の文字がある場合は、改行せずに印刷してください。その後、残りのコマンドをスキップしてその行にnext移動します。

  • print "\n";

    ここまで来ると、私たちは空の行に立ちます。 2 つの改行文字を印刷します。

  • END{if (/./)print""}

    ファイルの終わりに達した後、最後の行が空であることを確認してください。空でない場合は、最後の改行文字を印刷します。

答え3

Perl の短絡読み出しモードをこの目的に使用できます。

perl -n -00 -e 's/\n//g; print $_,"\n";' gene.txt

この-00オプションは、Perl に入力を一度に 1 行ずつ一度に 1 ブロックずつ読み込むように指示します。 「段落」は、空行で区切られたテキストブロックとして定義されます。

スクリプトの残りの部分は、段落の各行から改行文字を削除し、各段落を末尾に改行文字を含む長い文字列として印刷します。

出力を「段落」に含めるには、追加の「\ n」を追加します。

 perl -n -00 -e 's/\n//g; print $_,"\n\n";' gene.txt

答え4

perl -p -e 's/\n$//; s/^$/\n\n/;'

stdin または指定されたファイルから読み込み、stdout に書き込みます。実際の使用量は次のとおりです。

perl -p -e 's/\n$//; s/^$/\n\n/;' file1 file2 file3 >outfile

最後の段落の後に空行がない場合、EOFの改行出力は無視されます。後で扱いやすいですecho >>outfile。

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