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熱交換と間隔の維持

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熱交換と間隔の維持

フォローアップです。Unix：あるファイルの列全体を別のファイルの単一の値に置き換えます。

ファイル（file1）の列を別のファイル（file2）の特定の値に置き換えようとしています。

file1の構造は次のとおりです。

HETATM    8  P   FAD B 600      98.424  46.244  76.016  1.00 18.65
HETATM    9  O1P FAD B 600      98.634  44.801  75.700  1.00 17.69 O  
HETATM   10  O2P FAD B 600      98.010  46.640  77.387  1.00 15.59 O  
HETATM   11 H5B1 FAD B 600      96.970  48.950  72.795  1.00 -1.00 H

この構造を維持する必要があります。

file2の構造は次のとおりです。

1 27, -81.883, 4.0
5 48, -67.737, 20.0
1 55, -72.923, 4.0
4 27, -62.64, 16.0

私はawkが「誤動作」し、私のpdbファイルの形式を失ったことに気づきました。これは代わりに次のことを意味します。

HETATM    1  PA  FAD B 600      95.987  47.188  74.293  1.00 -73.248

わかりました。

HETATM 1 PA FAD B 600 95.887 47.194 74.387 1.00 -73.248

私は試した:

file1="./Min1_1.traj_COP1A_.27.pdb"
file2="./COP1A_report1"
value="$(awk -F, 'NR==1{print $2;exit}' $file2)"
#option 1: replaces the column I want but messes up the format
awk -F ' ' '{$11 = v} 1' v="$value" $file1 >TEST1
#option 2: keeps the format but adds the value at the end only
awk -F ' ', '{$2 = v} 1' v="$value" $file1 >TEST2
awk -F, '{$11 = v} 1' v="$value" $file1 >TEST3

私はこれがpdbファイルのすべての列に同じ区切り文字を持たず、awkが私が望む方法で処理しないためだと思います。

この問題を解決するためにawkを「飼いならす」方法や使用する他のコマンドに関するアイデアはありますか？

答え1

空白ではなく正規表現を使用[^[:blank:]]し、最初の11一致を置き換えます。

awk '{print gensub (/[^[:blank:]]+/, v, 11)}' v="$value" infile

sed同じ

sed "s/[^[:blank:]]\{1,\}/${value}/11" infile

別の方法は、ファイルに固定長フィールドがあり、各フィールドの「位置」を知っている場合（例ファイルに空白だけがあると仮定すると、11番目のフィールドは4文字を占め、各行は57番目から60番目になります。 )

awk '{print substr($0,1,56) v substr($0,61)}' v=$value file

または

sed -E "s/^(.{56}).{4}(.*)$/\1${value}\2/" infile

答え2

GAWK 4では、文字列（または行全体）を明示的に分割し、出力のために分割結果（フィールドと区切り文字）を繰り返してフィールド区切り文字を保存できます。

この例では、FPATフィールド構造を指定する正規表現を使用していますが、フィールド区切り文字を指定するか、単一のスペースを含む正規表現をpatsplit()使用することもできます。FS[ \t\n]+split()

gawk "v=$value" '{n = patsplit($0, arr, FPAT, seps); arr[11] = v; for (i = 0; i <= n; i++) {printf "%s%s", a[i], seps[i]}; print ""}'

これはa[0]常に空で、前のseps[0]区切り文字を含み、seps[n]入力行の末尾に区切り文字（空白）になります。

以下は、より読みやすい形式の1行のコードです。

gawk "v=$value" '
    {
        n = patsplit($0, arr, FPAT, seps); 
        arr[11] = v; 
        for (i = 0; i <= n; i++) {
            printf "%s%s", a[i], seps[i]
        }; 
        print ""
    }'

答え3

sedあなたの仕事に使用したい：

file1="./Min1_1.traj_COP1A_.27.pdb"
file2="./COP1A_report1"
IFS=',' read -r a value b <"$file2"
#for second field:
sed "s/.[0-9]\b/$value/" "$file1" > TEST1
#for 11th field:
sed "s/\S.\.[0-9]\{2\}\b/$value/" "$file1" > TEST1

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