SLURM: 標準出力名のカスタマイズ

Question 1

これは私が以前の答えで結論を下したものです。

%jジョブIDの提供
%x役職を与える
必要な形式で日付を取得する方法がわかりません。ジョブIDは実行中に一意の識別子として機能し、ファイル変更日は将来の分析のために日付をキャプチャします。

私のSBATCH魔法は次のとおりです。

#SBATCH --output=R-%x.%j.out
#SBATCH --error=R-%x.%j.err

R-すべてのアイテムを簡単に移動または削除できるように、プレフィックスとして追加することをお勧めします。R-*

Answer

これは私が以前の答えで結論を下したものです。

%jジョブIDの提供
%x役職を与える
必要な形式で日付を取得する方法がわかりません。ジョブIDは実行中に一意の識別子として機能し、ファイル変更日は将来の分析のために日付をキャプチャします。

私のSBATCH魔法は次のとおりです。

#SBATCH --output=R-%x.%j.out
#SBATCH --error=R-%x.%j.err

R-すべてのアイテムを簡単に移動または削除できるように、プレフィックスとして追加することをお勧めします。R-*

Question 2

少なくともあなたが望む方法ではできません。この#SBATCH行はコマンドによって解釈されるシェルコメントでありsbatch、ここではシェルコードを実行できません。

また、sbatchオプション-oは非常に制限された代替シンボルセットのみを理解します（以下の抜粋のマンページを参照）。

おそらく必要なものに最も近い方法は、sbatchジョブID、ジョブ名、現在の日付と時刻をテキストファイル（たとえばtimestamp<TAB>jobid<TAB>jobname）に追加するラッパースクリプトで実行し、次を使用することです。作業が完了した後出力ファイルの名前を変更します。

time_tまたは「epoch以降の秒」は、date +%sスクリプトで最も便利な日付/時刻形式です。まず、解析しなくても簡単に印刷できます。

squeue -t BF,CA,CD,F,NF,PR,TOそのテキストファイルを通過して実行されなくなり（検査を使用して）、名前が変更されていない各ジョブIDの名前を変更するスクリプトを作成することは難しくありません。

ちなみに、マニュアルページには次のようにsbatch記載されています。

-o, --output=

バッチスクリプトの標準出力を「ファイル名パターン」で指定されたファイル名に直接関連付けるようにSlurmに指示します。デフォルトでは、標準出力と標準エラーの両方が同じファイルに渡されます。ジョブ配列の場合、デフォルトのファイル名はであり、slurm-%A_%a.outジョブIDと配列インデックスに置き換えられます%A。%a他のジョブの場合、デフォルトのファイル名はslurm-%j.outジョブ%jIDに置き換えられます。--input optionファイルの命名オプションについてはを参照してください。

そして-i次のように書かれているからです。

-i, --input=

バッチスクリプトの標準入力を「ファイル名パターン」で指定されたファイル名に直接接続するようにSlurmに指示します。デフォルトでは、バッチスクリプトは標準入力で開き、標準出力と標準エラーの両方は、以下に説明するようにジョブ割り当て番号に置き換えられた名前/dev/nullのファイルに渡されます。slurm-%j.out%j

%ファイル名パターンには、パーセント記号の後に文字が続く1つ以上の代替記号を含めることができます%j。

サポートされる代替記号は次のとおりです。
%A Job array's master job allocation number.
%a Job array ID (index) number.
%j Job allocation number.
%N Node name. Only one file is created, so %N will be replaced
   by the name of the first node in the job, which is the one
   that runs the script.
%u User name.

Answer