2つのファイルfile1.seqとfile2.seq。
それらは次のとおりです。
file1.seq
ACGGTGTGATG
file2.seq
CGTGATGATGT
次のようなfastaファイルを作成したいと思います。
>file1.seq
ACGGTGTGATG
>file2.seq
CGTGATGATGT
どうすればいいですか？
答え1
単純なforループを使用してください：
for f in file*.seq; do printf ">%s\n" "$f"; cat -- "$f"; done >newfile
- この
forループはディレクトリ内の一致するすべてのファイルを繰り返しますfile*.seq。 printfptintファイル名。- そして
catファイルの内容を印刷します。 >newfileすべてを名前付きディレクトリにリダイレクトしますnewfile。
または以下を使用してawk：
awk 'FNR==1{print ">"FILENAME}1' file*.seq
FNR==1ファイルの現在のレコード番号。print ">"FILENAMEファイル名を先行印刷>
1それ以外の場合は、その行を印刷してください。