複数のディレクトリ内の複数のファイルに対してコマンドを実行する

find コマンドを使用すると、複数回実行できます。次のようにする必要があります。

find /your_dev_dir -name "contigs.fasta" -exec python quast.py -o quast {} \;

contigs.fastaこれにより/your_dev_dir、名前付きのすべてのファイルに対してコマンドが実行されます。