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列のソートに基づいてファイルをランク付けするbashスクリプト

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列のソートに基づいてファイルをランク付けするbashスクリプト

log2FoldChange符号の逆数を掛けた値に基づいてファイルのランク付けを試みますpvalue。

入力ファイル=

  Gene  baseMean    log2FoldChange  lfcSE   stat    pvalue  padj
ABCA13  5103.080785 2.543103478 0.438305758 5.802121998 6.55E-09    1.93E-07
ABCA3   18680.58642 -1.553638598    0.460873937 -3.371070638    0.000748767 0.003440638
ABCC1   25566.61312 1.835232419 0.297965004 6.15922137  7.31E-10    2.95E-08
ABCC2   200.351079  1.753257763 0.47254475  3.710247045 0.000207057 0.001190344
ABCC5   18904.8957  2.982575702 0.304484366 9.795497012 1.18E-22    7.21E-20
ABCC6   1071.195985 -1.858889875    0.388613973 -4.783384034    1.72E-06    2.16E-05
ABCC6P1 121.4678884 -2.319956403    0.367695124 -6.309456544    2.80E-10    1.26E-08
ABCC6P2 154.2820927 -2.402177208    0.393773373 -6.100405397    1.06E-09    4.06E-08
ABCC8   71.94941328 -1.651659127    0.494666609 -3.338933936    0.000841006 0.003782183

#!/bin/bash
DGE=$1
RNK=`echo $DGE | sed 's/.txt/.rnk/'`
sed 1d $DGE \
| sort -k6g \
| awk '!arr[$1]++' \
| awk '{OFS="\t"}
{ if ($3>0) printf "%s\t%4.3e\n", $1, 1/$7 ;
else printf "%s\t%4.3e\n", $1, -1/$7 }' \
| sort -k2gr > $RNK

ただし、空のファイルが出力されます。

答え1

そしてawk：

awk 'NR!=1{$0=$0" "$3*(1/$6)}1' file | sort -k8,8g
  • NR!=1ヘッダー行を無視します。
  • $0=$0" "$3*(1/$6)：目的の結果を含む8番目のフィールドを追加します。
  • {...}11は肯定的な条件です。awkこの行を印刷してください。
  • sort -k8,8gフィールド8に基づいてソートします。
  • 必要に応じて別のパイプを追加して... | awk '{$8=""}1'フィールドを再度削除します。

編集する：あなたの質問のコードからあなたが肯定的な結果を望んでいることがわかります（$3の値が否定的な場合はそうでなければなりません-1/$7）。これをサポートするために私が変更したコマンドは次のとおりです。

awk 'NR!=1{$0=$0" "sqrt(($3*(1/$6))^2)}1' file | sort -k8,8g

私は少し違うようにします。まず二乗を求め、次に平方根を求めます。

答え2

Perlが構造に来ます：

perl -walne 'print,next if 1 == $.;
             print $F[2] * $F[5], " $_" ' < file | sort -g

「フラグ」が何を意味するのかを説明できる場合は、それをスクリプトに統合できます。

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