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タブ区切りのテキストファイルで重複行の列を変更する方法

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タブ区切りのテキストファイルで重複行の列を変更する方法

このように多くの行があるとしましょう。

chr1    66999638    66999638    SGIP1   1   +
chr1    66999251    66999251    SGIP1   1   +
chr1    33545778    33549778    AZIN2   1   +
chr1    8376144 8380144 SLC45A1 1   +
chr1    16765166    16769166    NECAP2  1   +
chr1    33544713    33548713    AZIN2   1   +
chr1    25069759    25073759    CLIC4   1   +
chr1    33544729    33548729    AZIN2   1   +
chr1    50487626    50491626    AGBL4   1   -
chr1    92349836    92353836    TGFBR3  1   -

予想出力：

chr1    66999638    66999638    SGIP1   1   +
chr1    66999251    66999251    SGIP1_1 1   +
chr1    33545778    33549778    AZIN2   1   +
chr1    83761448380144  SLC45A1 1   +
chr1    16765166    16769166    NECAP2  1   +
chr1    33544713    33548713    AZIN2_1 1   +
chr1    25069759    25073759    CLIC4   1   +
chr1    33544729    33548729    AZIN2_2 1   +
chr1    50487626    50491626    AGBL4   1   -
chr1    92349836    92353836    TGFBR3  1   -

$4列で繰り返される2行目（および3行目、4行目など）を変更する方法が必要です。 「SGIP_1」または「WhateverGeneName_1」を読み取れるように「_1」文字列を追加したいと思います。

awkまたはsedソリューションが最適です。よろしくお願いします。

答え1

希望する最も簡単な場合みんな_N遺伝子名が一度だけ表示されても、次のことができます。

$ awk '$4=$4"_"++a[$4];' file.gff 
chr1 66999638 66999638 SGIP1_1 1 +
chr1 66999251 66999251 SGIP1_2 1 +
chr1 33545778 33549778 AZIN2_1 1 +
chr1 8376144 8380144 SLC45A1_1 1 +
chr1 16765166 16769166 NECAP2_1 1 +
chr1 33544713 33548713 AZIN2_2 1 +
chr1 25069759 25073759 CLIC4_1 1 +
chr1 33544729 33548729 AZIN2_3 1 +
chr1 50487626 50491626 AGBL4_1 1 -
chr1 92349836 92353836 TGFBR3_1 1 -

これにより、フィールド区切り文字が単一のスペースに変わります。 GFFファイルと同様に、タブで区切られた状態を維持するには、次のようにします。

$ awk -vOFS="\t" '$4=$4"_"++a[$4];' file.gff 
chr1    66999638    66999638    SGIP1_1 1   +
chr1    66999251    66999251    SGIP1_2 1   +
chr1    33545778    33549778    AZIN2_1 1   +
chr1    8376144 8380144 SLC45A1_1   1   +
chr1    16765166    16769166    NECAP2_1    1   +
chr1    33544713    33548713    AZIN2_2 1   +
chr1    25069759    25073759    CLIC4_1 1   +
chr1    33544729    33548729    AZIN2_3 1   +
chr1    50487626    50491626    AGBL4_1 1   -
chr1    92349836    92353836    TGFBR3_1    1   -

複数回出現する遺伝子の名前だけを変更したい場合は、もう少し複雑になります。

$ awk -vOFS="\t" '(++a[$4]>1){$4=$4"_"a[$4]-1}1;' file.gff
chr1    66999638    66999638    SGIP1   1   +
chr1    66999251    66999251    SGIP1_1 1   +
chr1    33545778    33549778    AZIN2   1   +
chr1    8376144 8380144 SLC45A1 1   +
chr1    16765166    16769166    NECAP2  1   +
chr1    33544713    33548713    AZIN2_1 1   +
chr1    25069759    25073759    CLIC4   1   +
chr1    33544729    33548729    AZIN2_2 1   +
chr1    50487626    50491626    AGBL4   1   -
chr1    92349836    92353836    TGFBR3  1   -

答え2

awkを使う

awk -vOFS="\t" '{$4=a[$4]++?$4"_"a[$4]-1:$4}1' file

chr1    66999638        66999638        SGIP1   1       +
chr1    66999251        66999251        SGIP1_1 1       +
chr1    33545778        33549778        AZIN2   1       +
chr1    8376144 8380144 SLC45A1 1       +
chr1    16765166        16769166        NECAP2  1       +
chr1    33544713        33548713        AZIN2_1 1       +
chr1    25069759        25073759        CLIC4   1       +
chr1    33544729        33548729        AZIN2_2 1       +
chr1    50487626        50491626        AGBL4   1       -
chr1    92349836        92353836        TGFBR3  1       -

1回だけ発生した場合は、$ 4を自分と同じに設定するか、_発生回数に-1を追加します。

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