adapter= /Volumes/My\ Passport/Documents/adapters.fa
正しいファイル（およびその場所）を取得するためにアダプタを参照できるようにこの変数を作成できますか？
答え1
このように変数を使用することは完全に正当です。変数を参照すると、対応するファイルパスが検証されます。
これはあなたの質問の範囲外ですが、変数を使用したり、export環境に追加したり、setenv.bashrc（または同様のもの）に追加しない限り、変数は変数を作成したシェルにのみ保持されます。
答え2
必要な文字列を変数に入れることができます。ただし、割り当てでは等号の周りにスペースを入れることはできません。
adapter=/Volumes/My\ Passport/Documents/adapters.fa
または
adapter='/Volumes/My Passport/Documents/adapters.fa'
定義したら、"$adapter"シェルでを使用してファイルを参照できます。二重引用符に注意してください。二重引用符はありません。シェルは値をスペースで除算します。。
open "$adapter"
この定義はadapterシェルでのみ有用です。たとえば、$adapter[ファイルを開く]ダイアログボックスに入力して値を表示させることはできません。どこでも使用できるファイルのショートカットを定義したい場合シンボリックリンク簡単にアクセスできるところに。