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他の列に一致する項目が含まれている場合は、ファイルの列をリンクします。

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他の列に一致する項目が含まれている場合は、ファイルの列をリンクします。

2つのファイルがあります。

ファイル1.txt

30    40    A    T    match1    string1
45    65    G    R    match2    string2
50    78    C    Y    match3    string3

ファイル2.txt

match1    60    add1    50    add2
match2    15    add1    60    add2
match3    20    add1    45    add2

以下のような出力を得たいです。

30    40    A    T    match1    string1    60    add1
45    65    G    R    match2    string2    15    add1
50    78    C    Y    match3    string3    20    add1

file1.txtの列5に一致するものがある場合は、file2.txtの列2と3をfile1.txtの末尾に追加したいと思います。

この結合コマンドを試してみました。

join -1 5 -2 1 -a 1 -o 1.1 -o 1.2 -o 1.3 -o 1.4 -o 1.5 -o 1.6 -o 2.2 -o 2.3 file1.txt fil2.txt

しかし、これは最初のファイルの列だけを印刷するようです。この問題を解決するためにJoinに加えて他の解決策はありますか？

答え1

あなたはできます：

join -1 5 -2 1 -o 1.1,1.2,1.3,1.4,1.5,1.6,2.2,2.3 file1.txt file2.txt

例:

% cat f1.txt 
30    40    A    T    match1    string1
45    65    G    R    match2    string2
50    78    C    Y    match3    string3

% cat f2.txt 
match1    60    add1    50    add2
match2    15    add1    60    add2
match3    20    add1    45    add2

% join -1 5 -2 1 -o 1.1,1.2,1.3,1.4,1.5,1.6,2.2,2.3 f1.txt f2.txt
30 40 A T match1 string1 60 add1
45 65 G R match2 string2 15 add1
50 78 C Y match3 string3 20 add1

答え2

解決策が見つかりました。

awk -F "\t" 'FNR==NR {a[$1] = $2 "\t" $3;next} $5 in a{print $0 "\t" a[$5]}' file2.txt file1.txt > outing.txt

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