複数のファイルに対してコマンドを実行し、各出力に一意の名前を付けます。

Question 1

for f in *.fasta; do 
    sh script.sh "$f" > "${f%.*}_output.fasta"; 
done

# ${f%.*} strips a shortest match of `.*` from the end of "$f"
# (= strips .fasta)

Answer

for f in *.fasta; do 
    sh script.sh "$f" > "${f%.*}_output.fasta"; 
done

# ${f%.*} strips a shortest match of `.*` from the end of "$f"
# (= strips .fasta)

Question 2

使用作る！

というファイルを作成します。GNUmakefile内容は次のとおりです。

all: $(filter-out %_output.fasta,$(wildcard *.fasta))

%_output.fasta: %.fasta
↦./script.sh $< >[email protected]
↦mv [email protected] $@

すべてのファイルを再生成するには、.と入力しますmake。ボーナスとして、最後の出力ファイルが作成されてから入力ファイルが変更されていない場合はscript.sh再実行されません。積極的に修正しscript.shて出力ファイルを再生成するには、スクリプトが変更された後にファイルを再生成するようにscript.sh後ろに追加します。%.fasta

説明する：

最初の行は、実行時に実行するアクションを指定しますmake all。なぜならこれが最初の行であるからです（最初の行ターゲット（makefileという用語で）make引数なしで実行すると、同じことが行われます。
次のセクションでは、all:現在のディレクトリにファイル名のリストを作成し、.fasta名前を_output.fasta。
行は%_output.fasta: %.fasta次から始まります。ルール_output.fasta（で始まる名前を生成する方法について説明します。ターゲット）対応する.fastaファイル（a依存）。
次のタブにインデントされた行は、ファイルを生成するために実行する必要があるコマンドです。
最初の行は最初の依存関係（）をファイル$<に変換します。.tmp
2行目は.tmpファイル名をターゲットファイル（$@）に変更します。この2段階のプロセスを実行する理由は、何らかの理由でビルドが中断されても無効なオブジェクトファイルが残らないためです。

注：Linuxを使用しているとします。それ以外の場合、make上記のコードを使用するには、システムのデフォルトコマンドの代わりにGNU makeをインストールして実行する必要があります。

出力ファイルに別の拡張子を使用すると、状況が少し簡単になります。

all: $(patsubst %.fasta,%.out,$(wildcard *.fasta))

.SUFFIX: .out .fasta
.fast.out:
↦./script.sh $< >[email protected]
↦mv [email protected] $@

all: foo.out bar.out最初の行を明示的なファイルリスト（）に置き換えると、Makefileそのファイルを呼び出してmake。

Answer