Ubuntu 14.04では、gconftool-2コマンドプロンプトでこれらのコマンドを実行すると、GNOME端末プロファイル設定が変更されます。
gconftool-2 --set /apps/gnome-terminal/profiles/Default/background_color --type string "#393939"
gconftool-2 --set /apps/gnome-terminal/profiles/Default/use_theme_colors --type bool false
gconftool-2 --set /apps/gnome-terminal/profiles/Default/foreground_color --type string "#fff"
gconftool-2 --set /apps/gnome-terminal/profiles/Default/background_type --type string "transparent"
gconftool-2 --set /apps/gnome-terminal/profiles/Default/background_darkness --type float 0.95
gconftool-2 --set /apps/gnome-terminal/profiles/Default/scrollback_unlimited --type bool true
gconftool-2 --get <some setting>その値を印刷するコマンドを使用すると、そのgconftool-2値もファイルに（XMLとして）書き込まれます。
/home/velour/.gconf/apps/gnome-terminal/profiles/Default/%gconf.xml
しかし、GNOME端末はこれらの値を無視しているようです。
16.04のコマンドラインでGNOME端末プロファイルを設定するには？