
「fastqc」というJavaで書かれたツールを使用しようとしています(興味のある人のため)。fastqcとは何ですか?。 "fastqc"コマンドを入力しようとするとエラーが発生します。
Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: uk/ac/babraham/FastQC/FastQCApplication
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:217)
at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:205)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:323)
at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:294)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:268)
誰かが以前に同様の経験をしたとき、同様の状況では、FastQCインストールを含むディレクトリにクラスパスを設定する必要があるという提案がありました。:
自分のコンピュータに標準クラスパスがあるか非標準クラスパスがあるかに応じて、既存のクラスパスを追加する必要があります。たとえば、次のようになります。
java -Xmx250m -classpath /usr/local/FastQC uk.ac.bbsrc.babraham.FastQC.FastQCApplication
または
java -Xmx250m -classpath /usr/local/FastQC:$CLASSPATH uk.ac.bbsrc.babraham.FastQC.FastQCApplication
FastQCを含む私のディレクトリは/u32/myusername/Tool/FastQCなので
だから私は両方を試しました。
java -Xmx250m -classpath /u32/myusername/Tool/FastQC uk.ac.bbsrc.babraham.FastQC.FastQCApplication
そして
java -Xmx250m -classpath /u32/myusername/Tool/FastQC:$CLASSPATH uk.ac.bbsrc.babraham.FastQC.FastQCApplication
しかし、それらのどれも働かないようです。
私は何かを台無しにしましたか?それが何を意味するのかわかりません-Xmx250m
。ルート設定はその有無に関係なく機能しません。私の無知について申し訳ありません。どんなアイデアや提案でも歓迎します。
答え1
- その後、簡単な手順はインストールフォルダに移動することです。
bin
フォルダアドレスのコピー- 「マイコンピュータのプロパティ」 - >「高度なシステム設定」 - >「環境変数」を開きます。
- [新規]をクリックし、アドレスを貼り付けてパス名を指定し(アドレスがごみ箱にある場合)、次のように入力します。
;
- もう一度「新規」をクリックしてアドレスを貼り付けてから、削除して
bin
挿入lib
して名前を付けます。classpath
;
終わってから入れて- 再起動コマンド
- 次のように入力してcmdチェックを開きます。
javac
それだけです。