私はサーバーで初めてプログラムを使用したので、研究所のサーバーとそれに接続されているリポジトリにユーザーアカウントを割り当てました。 root アクセス権がありません。すべてのプログラム（たとえば、、、、、bedtools）はサーバーのSoftwaresディレクトリにインストールされ、私のファイルはすべて割り当てられたリポジトリにあります。一部のプログラムは実行できますが、他のプログラムは実行できません。たとえば、私のディレクトリで実行できますが、usingコマンドを実行するたびにプログラムを保存したディレクトリでどのように使用/実行しますか？というメッセージが表示されます。何が問題なのでしょうか？samtoolsbowtie2tophat2samtoolsbedtools bamtofastq-bash: command not found
答え1
bashは、変数で指定されたディレクトリ内のバイナリファイル/コマンドを見つけようとします$PATH。echo $PATHbashがコマンドを探している場所を確認してください。
これらのディレクトリにないコマンドを使用するには、フルパスを指定する必要があります。例えば。プログラムは/opt/sw/toolsに保存されているため、呼び出す必要があります/opt/sw/tools/samtools。