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FASTQから第2のプライマー配列を除去する。

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FASTQから第2のプライマー配列を除去する。

シーケンス実行で得られたFASTQファイルがあり、Unixを使用して2番目のインデックスプライマーのシーケンスを削除しようとしています。以下は、FASTQファイルの最初の数行です。+AGCGCGAT最初の行、+AGCTCGCG5番目の行などから削除しようとしています。デフォルトでは、プラス記号とそれに続く8文字（A、、、Cまたは）Gを削除しますT。N助けてくれてありがとう。

@NS500663:433:HGFVKBGX2:1:11101:2828:1039 1:N:0:CGAGTGCT+AGCGCGAT
TCTGGNAACTTGGCTGATTCACTGGCCACGATACCTCATGTCCTCATCCATCAGGATTATCAGCTGCATAGACGG
+
AAAAA#EEEEEEEEEEEEEA/EEEEEE/EE6E/E/E///E//6EE///EA/////E/E/</E/A6/<E////6//
@NS500663:433:HGFVKBGX2:1:11101:8765:1039 1:N:0:ATCACGAT+AGCTCGCG
CATGTNAAATGAAATACATGGGAGACAAATATTTTTACTTATATAGAGTAGTTTCTCAAGGATTTTATAAATACA
+
AAAAA#EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEEAEAEAEEEEAEEEEEEEEEEEEEEEEEEE

答え1

$ sed 's/^\(@.*\)+.*$/\1/' file.fastq >new-file.fastq

+これにより、その行からプライマー配列の合計が削除されます。

@そのシンボルで始まり、そのシンボルを含むすべての行を見つけます+。シンボルの前のビットだけで行を置き換え、+残りは削除します。

入力はから来、file.fastq出力はに移動しますnew-file.fastq。

以下は、後述の文字と明示的に一致するため、より制限的です+。

$ sed 's/^\(@.*\)+[ACGTN]*$/\1/' file.fastq >new-file.fastq

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