2つのテキストファイルがあります。最初のファイルは、次のようにタブ区切りのファイルです。 chrom pos ref alt a1 a2 a3 a4 10 12345 C T aa bb cc dd 10 12345 C T aa bb cc dd 10 12345 C T aa bb cc dd 10 12345 C T aa bb cc dd 10 12345 C T aa bb cc dd 10 12345 C T aa bb ...
ディレクトリ内のすべてのファイルから生成されたテキストファイルがあります。このファイルを私が持っているスクリプトへの入力として使用したいが、正しく解析するには、特定の方法でフォーマットされたテキストファイルが必要です。 現在のテキストファイル（ファイル名リスト）の形式は次のとおりです。 A1_R1.fastq.gz A1_R2.fastq.gz A2_R1.fastq.gz A2_R2.fastq.gz A3_R1.fastq.gz A3_R2.fastq.gz RN各サンプルはタブで区切られ、同じ行になるようにペアになっている読み取り（同じ名前を持つが値...
私は、50,000を超える遺伝子ID行とその配列を含む次のファイルを作業しています。 gene_A:3342234 CTCTTTCTTTTACGCCT gene_A:1244-5205 CTCTTTCTTTTACGCCT gene_A:1838438 CTCTTTCTTTTACGCCT gene_B:1848584 CTCTTTCTTTTACGCCT gene_B:1029-4920 CTCTTTCTTTTACGCCT gene_C:3849029 CTCTTTCTTTTACGCCT これらのすべてに遺伝子IDがあり、その後にコロン、7〜9桁の参照番号、お...
Linuxシステムには2つの列を持つテキストファイルがあります。 1列= id_no（ほとんど5桁、一部は6桁）。 列2 = Genetic_markers（全長50674ビット）。 12345 0102010205 54322 2221110051 123456 1122011510 ファイルを次のように変更したいと思います。 12345 0 1 0 2 0 1 0 2 0 5 54322 2 2 2 1 1 1 0 0 5 1 123456 1 1 2 2 0 1 1 5 1 0 最初の列を数字に示すように右側に揃えるようにどのように変更で...
3つの列を持つデータセットがあります。 https://drive.google.com/file/d/1gtCssfAXHxRjGfX8uTAaimGPWCA2cnci/view?usp=sharing 最初の数行は次のとおりです。 ID transcript_id go_description MA_10000213g0010 MA_10000213g0010 MA_10000405g0010 MA_10000405g0010 GO:0006468-protein phosphorylation;GO:0030246-ca...
タブで区切られた列を含むファイルがありますtsv。スペースで区切られた値を持つ5番目の列を取得したいと思います。区切りスペースをタブ区切りに変換し、新しいファイルとして保存します。 試み： cut -d"\t" -f"4" input.tsv awk -v OFS="\t" '$1=$1' input.tsv > output.tsv 入力する： Composite_Element_REF Gene_Symbol Chromosome Genomic_Coordinate TCGA-KL-8323-01A-21D-23...
2列、3列、1列の連続セルが等しい場合、9列のC_R合計数を計算しようとします。S_Rファイルはベッド形式（タブ区切り形式）です。元のファイルは大きく、最初の列は染色体番号を定義します。ファイルの最初の数行は次のとおりです。 chr1 10200 10300 8 10000 10214 100 214 S_R chr1 10200 10300 8 10009 10233 100 224 S_R chr1 10200 10300 8 10014 10220 100 206 S_R c...
最初の部分をコピーしたいです（エクスソスカEVm****t1_、いいえ'.p[番号]'）「>」で始まる行を入力し、同じ行の最後の「：」の前にaを貼り付けます。 入力する： >IxoscaEVm2293881t1.p1 type:complete len:255 gc:Universal :13-219(+) MFLRQLGAPRFYYARLFLRFIAVTIGPFLKSFPEKMLFLTYFPFYFWQRFSNINKRRKLLPATFLTLG >IxoscaEVm2798449t1.p1 type:partial5 len:345 gc:U...
grepコマンドを一連の他のコマンドと組み合わせて使用して一連の文字（fastaファイル内の「GAATTC」など）を見つけ、各一致の間に何文字があるかを計算する方法はありますか？ ...
次のコードを使用して、他の既存の列の計算に基づいて、タブ区切りのtxtファイルに2つの新しい列（15と16）を追加しています。 問題：新しい列データが端末に表示されますが、ファイルは列に更新されません。別のファイル（）に送信すると列はcode ... > Sample.....2.txt存在しますが、区切り文字はタブから空白に変わります。 必須：タブ区切りファイルの既存の列計算に基づいて、コードの行に列15と16を追加します。 ファイル: Sample1_RVDB_sort_unique.txt パスワード： awk '{$15 = ($4/$13)*...
2つのタブで区切られたファイル（FileA.tsvとFileB.tsv）があります。 ファイルA.tsv ID 制度法 円 いくつかの列があります... 長さ 196-0 196 0 ---- 12874 195-1 195 1 ---- 12874 56-0 56 0 ---- 3349 115-1 115 1 ---- 5297 ファイルAには何百もの行と12の列がありますが、ここではすべて説明しません。 2と3の各値は一意ではありませんが、特定の組み合わせは一意です。したがって、event_idは、2と3の値を連結し...
いくつかの大きな .csv ファイルがあり、このファイルをバイナリ (1 と 0) 形式に変換したいと思います。最初の2つのフィールドを除いて、テキストを含むすべてのセルは1になり、0は0のままです。 head Test.csv Iss1,1,0,0,Hsapiens-I34,0,0,0,Mmusculus-H01,0,0 Iss1,11,0,Scerevisiae-U09,Hsapiens-I05,0,0,0,0,0,0 Iss1,21,0,0,Hsapiens-I05,0,0,0,Hsapiens-I31,0,0 Iss1,31,0,0,Mmusculu...
私はsamtoolsを使ってbamファイルを座標でソートします。このコマンドを実行すると、多数のファイルが生成されます。次のコマンドを実行しましたが、次の samtools sort -o sorted.bam genomic_dataset.bam 結果が表示されます。 [bam_sort_core] 1022個のファイルをマージ中...開く：ファイルがあまりにも開いています。 検索してみると、開いているファイル数に制限があることがわかりました。出力はulimit -n1024です。データセットは約560 GB、実行時間は約15時間です。したがって...
データを処理しています。このあいまいなファイル形式: SNP A1 A2 F1 I1 F2 I2 F3 I3 rs0001 A C 0.02 0.00 1.99 （最初の3フィールドの周りのスペースに注意してください） タイトルが非常に長く（500,000項目）、次のように変換したいと思います。 SNP A1 A2 F1_I1 F2_I2 F3_I3 rs0001 A C 0.02 0.00 1.99 ...不規則なスペースを削除または削除せずに使用する方が簡単です。参考までに、一貫性がある限り、これは...
編集：ブロック引用テキストを追加しました。 acc.paired.txt照明サンプル名（）を含むタブ区切りのテキストファイル（）がありますhead。 SRR10598163_R1.fastq.gz SRR8916417_R2.fastq.gz SRR10598049_R1.fastq.gz SRR10598163_R2.fastq.gz SRR8916418_R1.fastq.gz SRR10598049_R2.fastq.gz SRR10598164_R1.fastq.gz SRR8916418_R2.fastq.gz SRR10598050_R...