
vcfファイル(file.vcf)と(HA1.txt, HA1.txt, HA2.txt,...,HA28.txt)
さまざまなIDを含む複数のフィラーファイルがあります。
各ファイル全体は次のとおりです(各行は個別のエントリです)。
$ cat HA1.txt
QQ48_SD1A-37
ED19_SD1A40-3_357
TT335_SD1A-20
HH356_SD1A-7
Q029B_SD1A38
HT73_SD1A-28
HT288_SD1A-24
Q004B_SD1A-1
Q027_SD1A-4
Q096_SD1A-40
各人口統計の各個人の適用範囲の深さを抽出したいと思います。人口ファイルの各人に対してこのコマンドをどのように実行し、grep -v "^#" file.vcf | cut -f 10 | cut -d ':' -f2
各人口の出力を別々のファイルに保存しますか?
各グループについて私が望む出力は次のとおりです。
. 6 4 6 . 5 . 10 . 7 .
. 9 16 8 3 8 . 16 9 22 .
. 8 11 8 . 8 . 16 8 18 .
6 20 12 20 12 28 3 24 4 26 14
6 25 15 24 13 32 3 25 3 25 15
各列は人です!
答え1
for file in *; do grep '[pattern]' "$file" | cut -f 10 | cut -d ':' -f2 > "$file.output"; done