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ベッドアライメントコマンドが見つかりません。

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ベッドアライメントコマンドが見つかりません。

「私ではない」というコードがあります。

wget -qO- http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/snp142Common.txt.gz \
    | gunzip -c - \
    | cut -f2,3,4,5,10 - \
    | sort-bed - \
    > hg19.snp142.bed

端末で実行すると、次のエラーが発生します。

ソートベッド：コマンドが見つかりません

どうすれば修正できますか？

答え1

sort-bed含まれるBEDOPS: 高速でスケーラブルで簡単に並列ゲノム解析ツールキット、以下を介して簡単にインストールできます。このステップ:

  1. 以下から、Linux用の最新64ビットパッケージをダウンロードしてください。Github BEDOPSバージョン。コンパイル時変数を調整して、ソースから32ビットバイナリを構築できます。ここ。

  2. 目的の場所にパッケージを抽出します。 64ビットLinuxの場合：

    tar jxvf bedops_linux_x86_64-vx.y.z.tar.bz2

    x、yおよびzをダウンロードしたBEDOPSバージョン番号に置き換えます。

  3. 抽出したバイナリを選択した環境の場所にコピーします。PATHたとえば、次のようになります。/usr/local/bin

    cp bin/* /usr/local/bin

    必要に応じてこの宛先フォルダを変更します。

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