fastaファイルをプレーンテキストに変換

fastaファイルをプレーンテキストに変換

">"を含むfasta形式をプレーンテキストファイルに変換する方法例:fastaファイル

>1M14
GATCGGACTAGCTAA

出力:プレーンテキストファイル

GATCGGACGAGCTAA

答え1

fastaファイル形式すでにプレーンテキスト形式です。あなたが望むのは、fastaファイルをDNA配列のみを含むファイルに変換することです。

fastaファイルからすべてのヘッダー行を削除するには、次から始まる行を削除します>

grep -v '^>' fastafile >newfile

一度見てみたいかもしれませんStackExchange 生物情報学ウェブサイト


このgrep -vコマンドは、与えられた正規表現に一致する行を削除します。正規表現は、^>文字で始まる行と一致します>


終わりを見なさい前の質問の1つに対する私の答えDNA配列のみを含むファイルを逆補完、補完、および/または逆補完する方法を学びます。

関連情報