">"を含むfasta形式をプレーンテキストファイルに変換する方法例:fastaファイル
>1M14
GATCGGACTAGCTAA
出力:プレーンテキストファイル
GATCGGACGAGCTAA
答え1
fastaファイル形式すでにプレーンテキスト形式です。あなたが望むのは、fastaファイルをDNA配列のみを含むファイルに変換することです。
fastaファイルからすべてのヘッダー行を削除するには、次から始まる行を削除します>
。
grep -v '^>' fastafile >newfile
一度見てみたいかもしれませんStackExchange 生物情報学ウェブサイト。
このgrep -v
コマンドは、与えられた正規表現に一致する行を削除します。正規表現は、^>
文字で始まる行と一致します>
。
終わりを見なさい前の質問の1つに対する私の答えDNA配列のみを含むファイルを逆補完、補完、および/または逆補完する方法を学びます。