複数のファイルの行を1つのファイルにコピーし、その行の名前を元のファイル名として指定する方法

Question 1

公開された入力/出力の例と許可された答えを考慮すると、実際に必要なのはARGINDにGNU awkを使用することだけです。

awk -F'>' -v OFS='\t' 'NF>1{print $2, "Bin_"ARGIND}' /Usr/Bin/bin*.fa > /User/Bin/Summary.txt

または awk を使用してください。

awk -F'>' -v OFS='\t' 'FNR==1{++c} NF>1{print $2, "Bin_"c}' /Usr/Bin/bin*.fa > /User/Bin/Summary.txt

Answer

公開された入力/出力の例と許可された答えを考慮すると、実際に必要なのはARGINDにGNU awkを使用することだけです。

awk -F'>' -v OFS='\t' 'NF>1{print $2, "Bin_"ARGIND}' /Usr/Bin/bin*.fa > /User/Bin/Summary.txt

または awk を使用してください。

awk -F'>' -v OFS='\t' 'FNR==1{++c} NF>1{print $2, "Bin_"c}' /Usr/Bin/bin*.fa > /User/Bin/Summary.txt

Question 2

#!/usr/bin/env python

import os

files = os.listdir('/User/Bin')
for file in files:
    fi = open(file, 'r')
    n = file.split('.')[1]
    for line in fi:
        line = line.strip()
        if line.startswith('>'):
            bins = 'Bin_' + n
            print("%s\t%s" % (line[1:], bins))
    fi.close()

Linuxを使用している限り、Pythonがインストールされているはずです。これは効果があるかもしれません。

Answer

#!/usr/bin/env python

import os

files = os.listdir('/User/Bin')
for file in files:
    fi = open(file, 'r')
    n = file.split('.')[1]
    for line in fi:
        line = line.strip()
        if line.startswith('>'):
            bins = 'Bin_' + n
            print("%s\t%s" % (line[1:], bins))
    fi.close()

Linuxを使用している限り、Pythonがインストールされているはずです。これは効果があるかもしれません。

Question 3

これを実行できるコマンドは次のとおりです。

grep "^>" /User/Bin/*.fa | awk -F ":>|\\." '{sub(".*/", "", $1);printf "%s\t%s_%d\n",$4,$1,$2+1}'

手順を説明します

grep "^>" /User/Bin/*.fa

上記のコマンドは、目的のパターンを持つ行のみを識別し、それに応じてファイル名を印刷します。 awkを使用して一致する行を印刷することもできますが、grepを使用するとファイル名に必要な操作を簡単に実行できます。

awk -F ":>|\\."

これにより、「:>」文字または「.」がフィールド区切り文字として機能し、grepの出力が4つの部分に分割されます。 1.ファイル名の最大最初の「。」 2. インデックス名 3. 拡張子 4. 実際の grep モデル

{sub(".*/", "", $1)

上記の手順では、ファイル名の最初の部分からデフォルト名を削除します。

printf "%s\t%s.%d\n",$4,$1,$2+1}

必要に応じて2番目の部分を1ずつ増やし、タブを区別するためにタブを挿入する最終印刷を行います。

Answer