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端末と qsub から提出されたその他の結果

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端末と qsub から提出されたその他の結果

端末でコマンドを実行してクラスタに送信しようとすると、他の結果が表示されます。

端末に次のように入力した場合：

$ for i in *_1.fastq.gz; do echo $i >> t.txt; zcat $i | \
    grep "GCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTT" >> t.txt ; echo >> t.txt ; done

私はこのように出力されます

adrenal_4a_ERR315335_1.fastq.gz
GCANAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGGAACTATGTAGCATAGTGTCTTAACACCTCAGTAAAGAGATCGGAAGAGCACA

adrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gz
GCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGGAACTATGTAGCATAGTGTCTTAACACCTCAGTAAAGAGATCGGAAGAGCACA
CAAGAACAGAATGAAGAAAGTCAGGGGGACTGCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGAAACTATGTAGCATAGTGTCTT

adrenal_4c_ERR315392_1.fastq.gz

adrenal_4c_ERR315450_1.fastq.gz

and so on..

これは予想される結果です。

HPCクラスタに同じコマンドを送信すると、qsubまったく異なる結果が表示されます。

$ qsub -l h_vmem=4G -cwd -j y -b y -N n_tr -R y \
    "for i in *_1.fastq.gz; do echo $i >> t.txt; zcat $i | \
       grep "GCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTT" >> t.txt ; echo >> t.txt ; done"

adrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gz
GCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGGAACTATGTAGCATAGTGTCTTAACACCTCAGTAAAGAGATCGGAAGAGCACA
CAAGAACAGAATGAAGAAAGTCAGGGGGACTGCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGAAACTATGTAGCATAGTGTCTT

adrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gz

appendix_4a_ERR315437_1.fastq.gz
GCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGGAACTATGTAGCATAGTGTCTTAACACCTCAGTAAAGAGATCGGAAGAGCACA
CAAGAACAGAATGAAGAAAGTCAGGGGGACTGCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGAAACTATGTAGCATAGTGTCTT

adrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gz
GCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGGAACTATGTAGCATAGTGTCTTAACACCTCAGTAAAGAGATCGGAAGAGCACA
CAAGAACAGAATGAAGAAAGTCAGGGGGACTGCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGAAACTATGTAGCATAGTGTCTT

adrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gz
GGACTGCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGAAACTATGTAGCATAGTGTCTTAACACCTCAGTAAAGAGATCGGAAGA

appendix_4a_ERR315465_1.fastq.gz
GCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGGAACTATGTAGCATAGTGTCTTAACACCTCAGTAAAGAGATCGGAAGAGCACA
CAAGAACAGAATGAAGAAAGTCAGGGGGACTGCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGAAACTATGTAGCATAGTGTCTT

adrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gz

appendix_4b_ERR315345_1.fastq.gz
GCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGGAACTATGTAGCATAGTGTCTTAACACCTCAGTAAAGAGATCGGAAGAGCACA
CAAGAACAGAATGAAGAAAGTCAGGGGGACTGCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGAAACTATGTAGCATAGTGTCTT

adrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gz
GCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGGAACTATGTAGCATAGTGTCTTAACACCTCAGTAAAGAGATCGGAAGAGCACA
CAAGAACAGAATGAAGAAAGTCAGGGGGACTGCAAAGGCCAATGTTGGTGCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTTAAGAAACTATGTAGCATAGTGTCTT

私がここで何を間違っているのか？

答え1

コマンドに無効な引用符が使用されました。

二重引用符（"..."）を使用すると、シェルは変数（たとえば）を評価できます$i。すでに変数を使用していて値が保持されているadrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gzため、qsub次のことが実行されていることがわかります。

for i in *_1.fastq.gz; do echo adrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gz >> t.txt; zcat adrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gz | grep GCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTT >> t.txt ; echo >> t.txt ; done

一番外側の引用符を一重引用符（'...'）に変更すると、期待どおりに機能します。

qsub -l h_vmem=4G -cwd -j y -b y -N n_tr -R y 'for i in *_1.fastq.gz; do echo $i >> t.txt; zcat $i | grep "GCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTT" >> t.txt ; echo >> t.txt ; done'

答え2

この試み：

$ qsub -l h_vmem=4G -cwd -j y -b y -N n_tr -R y \
    'for i in *_1.fastq.gz; do echo $i >> t.txt; zcat $i | \
        grep "GCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTT" >> t.txt ; echo >> t.txt ; done'

違いは見えますか？

二重引用符（ "）を一重引用符（ "）に変更しました。

 'for i in ....t.txt ; done'
 ^^^                     ^^^

これにより、ローカルシェル拡張内のすべてのものから保護されます。二重引用符を使用すると、*_1.fastq.gzコンピュータクラスタ内のノードよりもローカルに拡張する方がはるかに簡単です。

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