私は最近slurmに切り替えてqsubのように動作するジョブ送信ツールを探しています。 パイプを介して入力を受け取ります。 出力を標準出力に印刷します。 例: for n in `seq 1 10`; do echo "echo $n" | qsub done 各echoコマンドはクラスタに送信され、出力は1..10（おそらくランダムな順序）でなければなりません。 これまではできます。 sbatchを使用してジョブを並列に送信しますが、出力がstdoutに出力されるかどうかわからない srunを使ってジョブを送信すると、順番に1つずつ動作し...
課題を提出するときqsub、ジョブが他のジョブの後にのみ開始されることを保証できます。さらに、他のジョブの状態に応じてのみ実行できます。他のジョブが失敗した場合、または正常に終了した場合にのみ新しいジョブを実行することもできます。しかし、私の場合は、タスクが「失敗」し、状態がCANCELLED,TIMEOUT。ユースケースは、時々長いトレーニングセッションを実行し、システム管理者が32時間しか操作を許可しないことです。ジョブが「タイムアウト」になると、トレーニングの実行がまだ完了していないことを意味するため、新しいジョブはタイムアウトしたジョブが残った場所を...
모두의 반응을 본 후스택 오버플로이 질문과 qsub에 익숙하지 않은 점에 관해서는 thqt U&L이 이 문제에 더 적합하다고 생각합니다. qsub에서는 다음과 같이 환경 변수(쉼표로 구분된 쌍 목록 envar=value)를 전달할 수 있습니다. info="This is some info" qsub -v INFO=$info script.pbs 그러나 $info에 쉼표가 포함되어 있으면 문제가 발생할 수 있습니다. info="This is some info, and here is some mor...
次のコマンドを使用して Sun Grid Engine (SGE) にバッチジョブの送信を実行しています。Python drmaaバインディング。 バッチジョブの送信の場合は、パラメータを受け入れ、shebangを介してコマンドラインから実行可能なPythonスクリプトを送信します。タスクバッチ送信を適切にパラメータ化するために、optionsを介してPythonスクリプトに伝播するように環境変数を設定しました-v。ジョブの送信中にエクスポートされたSGE /環境変数に基づいて$TASK_IDzsh環境で間接変数拡張を実行しようとしています。$SGE_TAS...
以下を含むスクリプトが次のようqsubに渡されるとします。qsub myscript.sh #PBS -N Job_name #PBS -l walltime=10:30,mem=320kb #PBS -m be # step1 arg1 arg2 step2 arg3 arg4 別のノードで並列にstep1実行されますかstep2、それとも割り当てられたリソースで順次実行されますか？ ...
読み取る必要があるRスクリプトが複数あります（最大3つ、tr1.R、tr2.R、tr3.R）。 以下は、単一のスクリプトを読み取るbashスクリプトです。 #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00 #PBS -M #PBS -m e module load R/4.0 Rscript ~/tr1.R 提案されたとおり、以下を試しました。@カス #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00 #PBS -M #PBS -m e mod...
file = 1〜50など、複数のファイルを実行するRスクリプトがあります。私は通常、Rスクリプトの数を変更して繰り返し操作を送信します（例：10個のファイルを毎回5回）。それでは、課題を5回提出せずに一度に5つの課題を提出するにはどうすればよいですか？また更新したいです。基本出力そしてエラーファイルすべての職業について。 Bashコードの例： #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=20,walltime=05:00:00 #PBS -m e #PBS -o default.out #PBS -e errorfile modu...
私は多くのタスクを実行していますqsub。一部は実行中で、一部は待っています。別のジョブIDを指定せずに特定のユーザーに対して待機しているすべてのジョブをキャンセルする方法はありますか？ ...
クラスタ内の特定のノードにインストールされているconda環境で実行されるPythonプログラムがあります。これをqsubに送信したいのですが、助けが必要です。私のスクリプトは次のとおりです #!/bin/bash source conda activate myenv pyhton3.6 myprogram.py 私は努力しました： ssh **node** 'export SGE_ROOT=/usr/local/run/ge2011.11; /usr/local/run/ge2011.11/bin/linux-x64/qsub script.sh'...
qsubログインノードを使用した後、大学クラスタにMatlabジョブを送信していますssh。 ジョブにメモリが不足しています。問題を解決するために私が受けたアドバイスは次のとおりです。」考えられる解決策は、より大きなシステムで実行するか、より多くのRAMを購入することです。」。 これは私のbashファイルに実際に何を意味しますか？ bashファイルのどの行がマシンまたはRAMのサイズを制御しますか？現在、私のbashファイル（以下を参照）にvmemこれtmemのRAMがありますか？ #$ -S /bin/bash #$ -l h_vmem=18G #$ -l...
qsub私たちの大学のHPCを使って、次のアレイ作業をしたいと思います。サム仕事。 各タスクは、複数の要素を利用するソルバー（MOSEK）を使用するMatlabコードを実行します。糸最適化の問題を解決するため。パラメーターは、ソルバーが使用するスレッド数を制御します。許可されるスレッドの最大数はコア数を超えることはできません。 ソルバーが使用したいとしましょう。スレッド4。したがって、少なくとも4つの空きコアを持つシステムに各タスクを割り当てる必要があります。 Bashファイルからどのように要求しますか？メモリ使用量をどのように計算する必要がありますか？ 現...
私は400大学からHPCに配列作業（Matlab R2018b task）を実行しています。qsub.shファイルが端末に配置されると、400そのファイルで開始されたジョブはすぐに終了します。 各ジョブの.oファイルにエラーは報告されませんが、次の警告のみが報告されます。 Warning: Name is nonexistent or not a directory: /share/apps/.../NAG/mbl6a24dnl/mex.a64 知っておくと便利です。私はMatlab .mファイルからMOSEKソルバーを呼び出しています。特に M...
次のことをしたいと思います。ディレクトリセットがあります。 例）400K 500K 600Kなど 各ディレクトリには、「qsub run.pbs」を使用してバッチを通じて送信したい「run.pbs」ファイルがあります。 私は同様のことをしています： for var in "@/run.pbs" do qsub run.pbs done 私はWebで検索したものに基づいてこのスクリプトを作成しました。ただし、スクリプトの実行後にrun.pbsが見つからないというエラーが発生します。 それで、スクリプトがすべてのディレクトリにアクセスする...
入力パラメータ（getoptsを使用）に依存する大規模スクリプトがあります。これらのパラメータの1つは、ファイル（すべて* bamという名前）を含むディレクトリです。スクリプトは2つの部分で構成されています。 パート1：入力* bamファイルに基づいて特定の数値を計算します。明確に言えば、結果はファイルごとの数ではなく数字です。 パート2：パート1で見つけた数値を使用して、各bamファイルに対して一連の操作を実行します。 今、計算的な観点から見ると、パート1は最初は非常に高速です。だから私の設定は次のようになります 端末でスクリプトを実行する：b...