HPC ジョブへの HPC ジョブの送信

入力パラメータ（getoptsを使用）に依存する大規模スクリプトがあります。これらのパラメータの1つは、ファイル（すべて* bamという名前）を含むディレクトリです。スクリプトは2つの部分で構成されています。

• パート1：入力* bamファイルに基づいて特定の数値を計算します。明確に言えば、結果はファイルごとの数ではなく数字です。
• パート2：パート1で見つけた数値を使用して、各bamファイルに対して一連の操作を実行します。

今、計算的な観点から見ると、パート1は最初は非常に高速です。だから私の設定は次のようになります

• 端末でスクリプトを実行する：bash script.sh
• script.shのパート2は、各ファイルに対してHPCジョブを送信します。

しかし、今は元の計画よりも多くのファイルを分析する必要があるので、パート1も計算集約的であることに気づきました。したがって、HPCでも実行する必要があります。

だから私の質問は次のようになります

• ジョブが送信されたHPCジョブを送信できますか？
• つまり、script.sh をジョブとしてサブミットして、そのジョブをパート 2 にサブミットすることはできますか?

明確に言えば、以下は私のスクリプトの例です。

#!/usr/bin/bash

# PART 0: accept all input arguments

USAGE() { echo "Usage: bash $0 [-b <in-bam-files-dir>] [-o <out-dir>] [-c <chromlen>]" 1>&2; exit 1; }

if (($# == 0)); then
        USAGE
fi

# Use getopts to accept each argument

while getopts ":b:o:c:h" opt
do
    case $opt in
       b ) BAMFILES=$OPTARG
        ;;
       o ) OUTDIR=$OPTARG
        ;;
       c ) CHROMLEN=$OPTARG
        ;;
       h ) USAGE
        ;;
       \? ) echo "Invalid option: -$OPTARG exiting" >&2
        exit
        ;;
       : ) echo "Option -$OPTARG requires an argument" >&2
        exit
        ;;
        esac
    done

# PART1: calculate this unique number

NUMBER=0    

for i in  $(ls $BAMFILES/*.bam)
do
  make some calculations on each file to obtain a number ...
  keep only the smallest found number and assign its value to $NUMBER
done

echo "Final number is ${NUMBER} "

# PART2: Using $NUMBER that we found above, submit a job for each *bam file

for i in $(ls $BAMFILES/*bam)
do

    if [ ! -f ${OUTDIR}/${SAMPLE}.bw ];
    then 
        command=" command -options -b $NUMBER $i"

    echo $command | qsub -V -cwd -o $OUTDIR -e $OUTDIR -l tmem=6G -l h_vmem=6G -l h_rt=3600 -N result_${SAMPLE}

    fi

done