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複数のtxtファイルに文字列を渡す方法

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複数のtxtファイルに文字列を渡す方法

同様のデータがありますが、はるかに大きいです。だから私は次のようにdf1.txtを持っています：

sp|O15304|SIVA_HUMAN    MPKRSCPFADVAPLQLKVRVSQRELSRGVCAERYSQEVFEKTKRLLFLGAQAYLDHVWDEGCAVVHLPESPKPGPTGAPRAARGQMLIGPDGRLIRSLGQASEADPSGVASIACSSCVRAVDGKAVCGQCERALCGQCVRTCWGCGSVACTLCGLVDCSDMYEKVLCTSCAMFET 
tr|A0A1B1L9R9|A0A1B1L9R9_BACTU  MNKQLFLASLKETQKSILSYACGAALYLWLLIWIFPSMVSAKGLNELIAAMPDSVKKIVGMESPIQNVMDFLAGEYYSLLFIIILTIFCVTVATHLIARHVDKGAMAYLLATPVSRVQIAITQATVLILGLLIIVSVTYVAGLVGAEWFLQDNNLNKELFLKINIVGGLIFLVVSAYSFFFSCICNDERKALSYSASLTILFFVLDMVGKLSDKLEWMKNLSLFTLFRPKEIAEGAYNIWPVSIGLIAGALCIFIVAIVVFKKRDLPL

次のようにdf2.txtがあります

sp|O15304|SIVA_HUMAN    IGPDGR

私はそれらを組み合わせようとしているので、次のことを行います。

join df1.txt df2.txt | awk '{gsub($3, tolower($3), $2) ; print $1 "\t" $2}' > out.txt

私はこれが欲しい

sp|O15304|SIVA_HUMAN    MPKRSCPFADVAPLQLKVRVSQRELSRGVCAERYSQEVFEKTKRLLFLGAQAYLDHVWDEGCAVVHLPESPKPGPTGAPRAARGQMLigpdgrLIRSLGQASEADPSGVASIACSSCVRAVDGKAVCGQCERALCGQCVRTCWGCGSVACTLCGLVDCSDMYEKVLCTSCAMFET
tr|A0A1B1L9R9|A0A1B1L9R9_BACTU  MNKQLFLASLKETQKSILSYACGAALYLWLLIWIFPSMVSAKGLNELIAAMPDSVKKIVGMESPIQNVMDFLAGEYYSLLFIIILTIFCVTVATHLIARHVDKGAMAYLLATPVSRVQIAITQATVLILGLLIIVSVTYVAGLVGAEWFLQDNNLNKELFLKINIVGGLIFLVVSAYSFFFSCICNDERKALSYSASLTILFFVLDMVGKLSDKLEWMKNLSLFTLFRPKEIAEGAYNIWPVSIGLIAGALCIFIVAIVVFKKRDLPL

しかし、私にはこれがあります

sp|O15304|SIVA_HUMAN    MPKRSCPFADVAPLQLKVRVSQRELSRGVCAERYSQEVFEKTKRLLFLGAQAYLDHVWDEGCAVVHLPESPKPGPTGAPRAARGQMLigpdgrLIRSLGQASEADPSGVASIACSSCVRAVDGKAVCGQCERALCGQCVRTCWGCGSVACTLCGLVDCSDMYEKVLCTSCAMFET

、どのように解決できますか？

答え1

問題はJoinコマンドにあります。を使用する必要があります-a 1。

~からman join

-a FILENUM
       also print unpairable lines from file FILENUM, where
       FILENUM is 1 or  2,  corresponding to FILE1 or FILE2

つまり、最終注文は

join -a 1 df1.txt df2.txt | awk '{gsub($3, tolower($3), $2) ; print $1 "\t" $2}' > out.txt

背景

問題を解決するときは、パイプラインの各セクションを順番にテストする必要があります。join df1.txt df2.txt両方のファイルの行のみを出力します。に一致するものがdf1.txtない行を含めるには、上記のように使用してください。df2.txt-a 1

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