あまりにも長い間これを遊んでgrep、Join、awkを試しましたが、パラメータを正しく取得できませんでした。コマンドを正しく実行する必要があります。
2つのテキストファイルがあります。
猫ファイル1
@ABC:11:ABC:1:1111:1111:1111
@ABC:22:ABC:1:1111:4444:4444
猫ファイル2
@ABC:11:ABC:1:1111:1111:1111 1:N:0:TCCCGCGC+AGGCGGGG
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+
#FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
@ABC:11:ABC:1:1111:2222:2222 1:N:0:TCCCGCGC+AGGCGGGG
AGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGG
+
#FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
@ABC:22:ABC:1:1111:3333:3333 1:N:0:TCCCGCGC+AGGCGGGG
AGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGG
+
#FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
@ABC:22:ABC:1:1111:4444:4444 1:N:0:TCCCGCGC+AGGCGGGG
TTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+
#FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
私は2つのことをしたい：
出力1）file1に基づいて、文字列と2つの追加文字列を含むすべての行を抽出します。
出力2）file1 に基づいて、次の条件に一致するすべての行を抽出します。欲しくない文字列と2つの追加行が含まれていますが、@..で始まる行だけを一致させようとする必要があります。
出力例1）：
猫出力1
@ABC:11:ABC:1:1111:1111:1111 1:N:0:TCCCGCGC+AGGCGGGG
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+
#FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
@ABC:22:ABC:1:1111:4444:4444 1:N:0:TCCCGCGC+AGGCGGGG
TTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+
#FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
出力例2)
猫出力2
@ABC:11:ABC:1:1111:2222:2222 1:N:0:TCCCGCGC+AGGCGGGG
AGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGG
+
#FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
@ABC:22:ABC:1:1111:3333:3333 1:N:0:TCCCGCGC+AGGCGGGG
AGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGGAGGCGGGG
+
#FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
（Perlを使用しないでください）
答え1
あなたが表示して要求するのは、grep fastqファイルから与えられた読み取りセットです。ホイールを再発明するのではなく、既存のツールを使用することをお勧めします。seqkit grepそれのために。
それでも「bashのみ」のバリエーションは次のとおりです。
4つの連続した行が1つの読み取りに属します。したがって、すべての項目をタブで区切って1行に配置し、IDを検索してタブを新しい行に戻すことができます。
$ cat file2.fq|paste - - - -|grep -f file1.txt|tr "\t" "\n"
または、2番目の出力にはinvertパラメータを使用します。grep
$ cat file2.fq|paste - - - -|grep -v -f file1.txt|tr "\t" "\n