bor.mol2とbor.comという2つのファイルがあります。 bor.mol2には原子のX、Y、Z座標があり、@<TRIPOS>ATOMファイル@<TRIPOS>BONDのキーワード列3、4、5は原子の座標です。たとえば、H1 の座標は -0.1660 2.5890 -0.2030 です。
他のファイルはbor.comで、列2、3、4はX、Y、Z座標（ 0 1との間1 2 1.0）です。 bor.mol2座標をbor.com座標に置き換えて、以下のようにboron.mol2を取得したいと思います。
awkまたはgrepを使用してこれをどのように実行できますか？
ホウ素ほくろ2
@<TRIPOS>MOLECULE
MOL
19 18 1 0 0
SMALL
resp
@<TRIPOS>ATOM
1 H1 -0.1660 2.5890 -0.2030 H 1 MOL 0.425234
2 O1 -0.6950 1.8160 -0.3360 O 1 MOL -0.740851
3 B1 -0.0040 0.6800 -0.0410 B 1 MOL 0.916675
4 O2 1.2760 0.7930 0.3900 O 1 MOL -0.584834
5 C1 2.0810 -0.3200 0.7070 C 1 MOL 0.351772
6 C2 2.8020 -0.8460 -0.5220 C 1 MOL -0.254733
7 H2 3.3950 -0.0620 -0.9800 H 1 MOL 0.065923
8 H3 2.0930 -1.2150 -1.2550 H 1 MOL 0.065923
9 H4 3.4660 -1.6630 -0.2510 H 1 MOL 0.065923
10 H5 1.4780 -1.0990 1.1550 H 1 MOL -0.005252
11 H6 2.7960 0.0200 1.4450 H 1 MOL -0.005252
12 O3 -0.5850 -0.5340 -0.1770 O 1 MOL -0.584834
13 C3 -1.9220 -0.7000 -0.5940 C 1 MOL 0.351772
14 C4 -2.8780 -0.6420 0.5840 C 1 MOL -0.254733
15 H7 -3.8950 -0.8350 0.2550 H 1 MOL 0.065923
16 H8 -2.8530 0.3360 1.0520 H 1 MOL 0.065923
17 H9 -2.6110 -1.3870 1.3260 H 1 MOL 0.065923
18 H10 -2.1780 0.0530 -1.3290 H 1 MOL -0.005252
19 H11 -1.9740 -1.6700 -1.0740 H 1 MOL -0.005252
@<TRIPOS>BOND
1 1 2 1
2 2 3 1
3 3 4 1
4 3 12 1
5 4 5 1
6 5 6 1
7 5 10 1
8 5 11 1
9 6 7 1
10 6 8 1
11 6 9 1
12 12 13 1
13 13 14 1
14 13 18 1
15 13 19 1
16 14 15 1
17 14 16 1
18 14 17 1
@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
1 MOL 1 TEMP 0 **** **** 0 ROOT
bor.com：
%nprocshared=4
%mem=1GB
# am1 geom=connectivity sp
MOL
0 1
H -0.16720146 2.58919775 -0.19942423
O -0.69500000 1.81600000 -0.33600000
B -0.00400000 0.68000000 -0.04100000
O -0.38867986 -0.48241992 -0.62214658
C 0.24973028 -1.71425091 -0.37253088
C -0.34829932 -2.40893346 0.83855738
H -1.41561875 -2.54983268 0.70799890
H -0.18501334 -1.82371627 1.73688335
H 0.11053291 -3.38414892 0.98087325
H 1.31216868 -1.56088464 -0.23520857
H 0.10760188 -2.31766293 -1.25975262
O 1.04303104 0.71384972 0.81482310
C 1.49768870 1.90335555 1.42093890
C 2.50478033 2.62078365 0.54000342
H 2.89233808 3.49938587 1.04758216
H 2.04460091 2.94105867 -0.38832398
H 3.33724896 1.96604913 0.30506364
H 0.65864568 2.55057309 1.64429105
H 1.95688815 1.61234302 2.35819638
1 2 1.0
2 3 1.0
3 4 1.0 12 1.0
4 5 1.0
5 6 1.0 10 1.0 11 1.0
6 7 1.0 8 1.0 9 1.0
7
8
9
10
11
12 13 1.0
13 14 1.0 18 1.0 19 1.0
14 15 1.0 16 1.0 17 1.0
15
16
17
18
19
結果は次のようにboron.mol2でなければなりません。
@<TRIPOS>MOLECULE
MOL
19 18 1 0 0
SMALL
resp
@<TRIPOS>ATOM
1 H1 -0.16720146 2.58919775 -0.19942423 H 1 MOL 0.425234
2 O1 -0.69500000 1.81600000 -0.33600000 O 1 MOL -0.740851
3 B1 -0.00400000 0.68000000 -0.04100000 B 1 MOL 0.916675
4 O2 -0.38867986 -0.48241992 -0.62214658 O 1 MOL -0.584834
5 C1 0.24973028 -1.71425091 -0.37253088 C 1 MOL 0.351772
6 C2 -0.34829932 -2.40893346 0.83855738 C 1 MOL -0.254733
7 H2 -1.41561875 -2.54983268 0.70799890 H 1 MOL 0.065923
8 H3 -0.18501334 -1.82371627 1.73688335 H 1 MOL 0.065923
9 H4 0.11053291 -3.38414892 0.98087325 H 1 MOL 0.065923
10 H5 1.31216868 -1.56088464 -0.23520857 H 1 MOL -0.005252
11 H6 0.10760188 -2.31766293 -1.25975262 H 1 MOL -0.005252
12 O3 1.04303104 0.71384972 0.81482310 O 1 MOL -0.584834
13 C3 1.49768870 1.90335555 1.42093890 C 1 MOL 0.351772
14 C4 2.50478033 2.62078365 0.54000342 C 1 MOL -0.254733
15 H7 2.89233808 3.49938587 1.04758216 H 1 MOL 0.065923
16 H8 2.04460091 2.94105867 -0.38832398 H 1 MOL 0.065923
17 H9 3.33724896 1.96604913 0.30506364 H 1 MOL 0.065923
18 H10 0.65864568 2.55057309 1.64429105 H 1 MOL -0.005252
19 H11 1.95688815 1.61234302 2.35819638 H 1 MOL -0.005252
@<TRIPOS>BOND
1 1 2 1
2 2 3 1
3 3 4 1
4 3 12 1
5 4 5 1
6 5 6 1
7 5 10 1
8 5 11 1
9 6 7 1
10 6 8 1
11 6 9 1
12 12 13 1
13 13 14 1
14 13 18 1
15 13 19 1
16 14 15 1
17 14 16 1
18 14 17 1
@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
1 MOL 1 TEMP 0 **** **** 0 ROOT
答え1
私はawkをよく知らず、sedを使います。
sed -rn '/^ [A-Z]/{H;x;s/^\n//;x};/^ *[0-9]+ +[A-Z]+[0-9]+/{G;s/^( *[^ ]+ +[^ ]+) +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+([^\n]+)\n *[^ ]+( *[^ ]+ +[^ ]+ +[^\n]+).*/\1\3\2/;x;s/^[^\n]+\n//;x};/MOLECULE/,$p' bor.com bor.mol2 > boron.mol2
出力：ホウ素ほくろ2
@<TRIPOS>MOLECULE
MOL
19 18 1 0 0
SMALL
resp
@<TRIPOS>ATOM
1 H1 -0.16720146 2.58919775 -0.19942423 H 1 MOL 0.425234
2 O1 -0.69500000 1.81600000 -0.33600000 O 1 MOL -0.740851
3 B1 -0.00400000 0.68000000 -0.04100000 B 1 MOL 0.916675
4 O2 -0.38867986 -0.48241992 -0.62214658 O 1 MOL -0.584834
5 C1 0.24973028 -1.71425091 -0.37253088 C 1 MOL 0.351772
6 C2 -0.34829932 -2.40893346 0.83855738 C 1 MOL -0.254733
7 H2 -1.41561875 -2.54983268 0.70799890 H 1 MOL 0.065923
8 H3 -0.18501334 -1.82371627 1.73688335 H 1 MOL 0.065923
9 H4 0.11053291 -3.38414892 0.98087325 H 1 MOL 0.065923
10 H5 1.31216868 -1.56088464 -0.23520857 H 1 MOL -0.005252
11 H6 0.10760188 -2.31766293 -1.25975262 H 1 MOL -0.005252
12 O3 1.04303104 0.71384972 0.81482310 O 1 MOL -0.584834
13 C3 1.49768870 1.90335555 1.42093890 C 1 MOL 0.351772
14 C4 2.50478033 2.62078365 0.54000342 C 1 MOL -0.254733
15 H7 2.89233808 3.49938587 1.04758216 H 1 MOL 0.065923
16 H8 2.04460091 2.94105867 -0.38832398 H 1 MOL 0.065923
17 H9 3.33724896 1.96604913 0.30506364 H 1 MOL 0.065923
18 H10 0.65864568 2.55057309 1.64429105 H 1 MOL -0.005252
19 H11 1.95688815 1.61234302 2.35819638 H 1 MOL -0.005252
@<TRIPOS>BOND
1 1 2 1
2 2 3 1
3 3 4 1
4 3 12 1
5 4 5 1
6 5 6 1
7 5 10 1
8 5 11 1
9 6 7 1
10 6 8 1
11 6 9 1
12 12 13 1
13 13 14 1
14 13 18 1
15 13 19 1
16 14 15 1
17 14 16 1
18 14 17 1
@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
1 MOL 1 TEMP 0 **** **** 0 ROOT
答え2
1つの方法は次のとおりです。
$ awk '{
if(/@<TRIPOS>ATOM/){a=1; print; next}
if(/@<TRIPOS>BOND/){a=0}
if(NR==FNR){
val[FNR][2]=$2;
val[FNR][3]=$3;
val[FNR][4]=$4;
}
else{
if(a){
OFS="\t"
$3=val[a][2];
$4=val[a][3];
$5=val[a][4]
a++;
}
print $0
}
}' <(grep '^ [A-Z]' bor.com) bor.mol2
上記の結果は次のとおりです。
@<TRIPOS>MOLECULE
MOL
19 18 1 0 0
SMALL
resp
@<TRIPOS>ATOM
1 H1 -0.16720146 2.58919775 -0.19942423 H 1 MOL 0.425234
2 O1 -0.69500000 1.81600000 -0.33600000 O 1 MOL -0.740851
3 B1 -0.00400000 0.68000000 -0.04100000 B 1 MOL 0.916675
4 O2 -0.38867986 -0.48241992 -0.62214658 O 1 MOL -0.584834
5 C1 0.24973028 -1.71425091 -0.37253088 C 1 MOL 0.351772
6 C2 -0.34829932 -2.40893346 0.83855738 C 1 MOL -0.254733
7 H2 -1.41561875 -2.54983268 0.70799890 H 1 MOL 0.065923
8 H3 -0.18501334 -1.82371627 1.73688335 H 1 MOL 0.065923
9 H4 0.11053291 -3.38414892 0.98087325 H 1 MOL 0.065923
10 H5 1.31216868 -1.56088464 -0.23520857 H 1 MOL -0.005252
11 H6 0.10760188 -2.31766293 -1.25975262 H 1 MOL -0.005252
12 O3 1.04303104 0.71384972 0.81482310 O 1 MOL -0.584834
13 C3 1.49768870 1.90335555 1.42093890 C 1 MOL 0.351772
14 C4 2.50478033 2.62078365 0.54000342 C 1 MOL -0.254733
15 H7 2.89233808 3.49938587 1.04758216 H 1 MOL 0.065923
16 H8 2.04460091 2.94105867 -0.38832398 H 1 MOL 0.065923
17 H9 3.33724896 1.96604913 0.30506364 H 1 MOL 0.065923
18 H10 0.65864568 2.55057309 1.64429105 H 1 MOL -0.005252
19 H11 1.95688815 1.61234302 2.35819638 H 1 MOL -0.005252
@<TRIPOS>BOND
1 1 2 1
2 2 3 1
3 3 4 1
4 3 12 1
5 4 5 1
6 5 6 1
7 5 10 1
8 5 11 1
9 6 7 1
10 6 8 1
11 6 9 1
12 12 13 1
13 13 14 1
14 13 18 1
15 13 19 1
16 14 15 1
17 14 16 1
18 14 17 1
@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
1 MOL 1 TEMP 0 **** **** 0 ROOT
このコマンドは空白で始まり、後に大文字が続くgrep '^ [A-Z]' bor.com行だけを印刷します。bor.comこれが私たちが望む唯一の行ですbor.com。 bashの設定を使用して、grep出力をファイルハンドルにawkに渡します<()。valスクリプトが読み取っているファイルが入力ファイルの最初のファイルである場合、スクリプトは配列に値を格納します（2番目の文字列とNR==FNR)文字列@<TRIPOS>ATOMの間@<TRIPOS>BONDにある場合は3番目、4番目のファイルを置き換えます）。 5番目のフィールドは配列の値に関連付けられていますval。