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特定の列で可能な3つの変数のいずれとも等しくない行を編集します（好ましくはawkで）。

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特定の列で可能な3つの変数のいずれとも等しくない行を編集します（好ましくはawkで）。

特定の列で行を「X」に置き換える必要がありますが、3つの可能なパターン（3つの変数）のいずれかと一致しない場合にのみ適用されます。列は常に同じ列ではないため、コードは列番号自体が変数番号のままで動作する必要があります。 3つの可能なモードについても同様です。デモなしで説明するのは難しいです。この例では、列1を見て、「GrabVariantOption」に基づいて「X」に固有の項目がどのように変更されるかを見ると、私が説明できるものよりもはっきりします。

入力例：

A,A,A,X
A,G,T,X
C,A,G,T
A,C,G,T
f,X,A,g
g,T,A,A
m,s,G,A
G,s,m,A

例3可能なパターン：

GrabVariantOption1=A
GrabVariantOption2=g
GrabVariantOption3=G

いくつかの疑似コードは、これが私が望む仕事の原則です。

Column=1   

awk -F ',' -v a=$GrabVariantOption1 -v b=$GrabVariantOption2 -v c=$GrabVariantOption3 -v x=$Column '{$x; if NR!=a && NR!=b && NR!=c; flag=1} {if flag=1 NR==X }'

出力例：

A,A,A,X
A,G,T,X
X,A,G,T
A,C,G,T
X,X,A,g
g,T,A,A
X,s,G,A
G,s,m,A

答え1

awk -F, -v OFS=, \
  -v "a=$GrabVariantOption1" \
  -v "b=$GrabVariantOption2" \
  -v "c=$GrabVariantOption3" \
  -v "x=$Column" '
  $x != a && $x != b && $x != c {$x = "X"}
  {print}'

または、ここに単一のASCII文字があります。

awk -F, -v OFS=, \
  -v "pattern=^[$GrabVariantOption1$GrabVariantOption2$GrabVariantOption3]\$" \
  -v "x=$Column" '
  $x !~ pattern {$x = "X"}
  {print}'

NRawk現在のレコード番号（ここでは、基本レコード区切り文字を含む行番号）を保持する特殊変数です。$フィールドを逆参照する演算子です。したがって、xフィールド番号が最初の$ xフィールドの内容を提供する場合。x

答え2

別のオプション：

awk -v col=1 -v keys="$GrabVariantOption1,$GrabVariantOption2,$GrabVariantOption3" '
    BEGIN {
        FS = OFS = ","

        # keys is a single string: "A,g,G"

        n = split(keys, a)

        # now, n=3 and a is the array ("A", "g", "G")

        for (i=1; i<=n; i++) keep[a[i]] = 1

        # now, keep is an associative array mapping "A"=>1, "g"=>1, "G"=>1
        # ("A" in keep) is true
        # ("C" in keep) is false
    }
    !($col in keep) {$col = "X"}
    {print}
' input

答え3

この試み、

awk -F ',' -v a=$GrabVariantOption1 -v b=$GrabVariantOption2 -v c=$GrabVariantOption3 -v x=$Column -v OFS=',' '{if (($x != 'a') && ($x != 'b') && ($x != 'c')) {$x="X"}; print }' input.txt 
A,A,A,X
A,G,T,X
X,A,G,T
A,C,G,T
X,X,A,g
g,T,A,A
X,s,G,A
G,s,m,A

答え4

拡張正規表現でGnu sedを使用してpbmを表示する1つの方法は次のとおりです。

$ col=1 opt1=G opt2=g opt3=G
$ opt=${opt1}${opt2}${opt3}
$ sed -Ee "
   s/^/,/
   s/(([^,]*,){$col})[^$opt]/\1X/
   s/,//
" file.csv

Perlを使用すると、次のこともできます。

$ perl -lpe "
   s/^/,/;
   substr(\$_,2*$col-1,1) =~ tr/$opt/X/c;
   s/,//;
" file.csv

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