別のファイル内の各クエリの2行目を印刷する必要があります。

sed -E "/^$/d" file | awk '/> Query/{printf "%s\t", $3; nr[NR+2]}; NR in nr '

出力

TRINITY_DN109574_c0_g1_i1       ***** No hits found *****
TRINITY_DN109587_c0_g1_i1       ***** No hits found *****
TRINITY_DN109586_c0_g2_i1       Sequences producing significant alignments:

牙...

あなたのIDとヒットラインの間隔はヒットするかどうかによって異なりますが、余分な空の行によってのみ間隔が変わるため、空の行をすべて削除すると

sed -E "/^$/d" file 

その後、ヒット/失敗行は常にクエリの前の2行です。次に、パイプを介して|クエリawkで始まる行のみを探します。

awk '/> Query/'

$3ただし、クエリ行には3番目（スペースで区切られた）フィールドのみが必要です。これはあなたのIDだからです。

awk '/> Query/{print $3}'

正規表現の一致を見つけるたびに、一致するヒット行の行番号を計算して配列に保存しようとしています。私は配列を呼び出し、nr私たちが興味のあるヒット行は現在一致する行NR+ 2です。

awk '/> Query/{print $3; nr[NR+2]}'

NR最後に、2番目の条件を追加して、正規表現と一致しない行が配列にあることを確認してnr印刷します。また、IDの末尾にヒットを出力するように最初の項目をprint変更してください。printf

awk '/> Query/{printf "%s\t", $3; nr[NR+2]}; NR in nr;'

NR次の正規表現の一致よりも多くの数字を追加すると、このソリューションは中断されます。

GNU sedを使用してクエリ行から始まり、パターン空間に行を累積し、空白行を捨て、空でない行3つが累積されると印刷します。

$ sed -e '
    :loop
        /\n.*\n/{
            s//\t/
            s/^> Query=//p
         }
         /^> Query=/!d
         $d;N
         s/\n$//
     bloop
' file

Perlを使用してファイルを読み取り、クエリ行を取得し、空白行をスキップし、空でない最初の行をスキップします。

$ perl -0777ne 'print "$1\t$2" while /^> Query=\h+(.*)\n\n*.*\n\n*(.*\n)/mg' file

PCREモードでは、GNU grepを使用して最初にクエリ行を抽出し、空でない2行を抽出し、中央の空行の範囲は0から倍数まで可能です。

$ < file grep -zoP '(?m:^> Query=\h+\K.*\n\n*(.*\n\n*){2})' |
    tr -d '\0' | tr -s '\n' |
    sed -e 'h;n;n;H;g;s/\n/\t/'

範囲演算子を使用する別の方法...：

$ perl -lane '
    $e = (/^> Query=/ && $c==0) ... (/\S/ && $c==2);
    next if !length($e) || !@F;
    $q = $F[2]       if $e == 1;
    print "$q\t$_" if $e =~ /E0/;
    $c = $c == 2 ? 0 : $c+1;
  ' file