次のデータがあります。
Sample_1 Apples Red
Sample_2 Apples Red
Sample_3 Apples Red
Sample_4 Apples Red
Sample_5 Apples Red
Sample_6 Apples Green
Sample_7 Apples Green
Sample_8 Apples Green
Sample_9 Apples Green
Sample_10 Apples Green
Sample_11 Apples Yellow
Sample_12 Apples Yellow
Sample_13 Apples Yellow
Sample_14 Apples Yellow
Sample_15 Apples Yellow
他の2つの列によって形成されたグループの組み合わせに基づいて、最初の列からサンプルを繰り返し抽出してサンプル1-5、6-10、および11-15を取得するにはどうすればよいですか。
私が最終的に望むのは、サンプルリスト(上記のグループなど)を他のコマンドへの入力として渡すことです。たとえば、次のようになります。
comm -23 <(sort <all_samples.txt>) <(sort <[input from above]>) > <difference.txt>
私は試した:
awk '{print $2"\t"$3}' <file.txt> | uniq
2番目と3番目の列のユニークな組み合わせを得るためには何もできないようです。特に最初の列を引くことはまさに必要です。
答え1
これはあなたがしたいことですか?
$ awk '{vals[$2 FS $3] = vals[$2 FS $3] OFS $1} END{for (key in vals) print key vals[key]}' file
Apples Red Sample_1 Sample_2 Sample_3 Sample_4 Sample_5
Apples Green Sample_6 Sample_7 Sample_8 Sample_9 Sample_10
Apples Yellow Sample_11 Sample_12 Sample_13 Sample_14 Sample_15
それともこれではないだろうか?
$ awk -v fruit='Apples' -v color='Green' '($2==fruit) && ($3==color)' file
Sample_6 Apples Green
Sample_7 Apples Green
Sample_8 Apples Green
Sample_9 Apples Green
Sample_10 Apples Green
答え2
以下は、入力を解析し、必要に応じて転置データを出力する単純なgawkスクリプトの例です。
#!/usr/bin/gawk -f
# Checks if type (column 2) or subtype (column 3) are
# different from previous line.
(type != $2) || (subtype != $3) {
# Prints the start of a new output line.
# The NR!=1 check avoids that a new line is
# printed on the first line.
printf("%s%s\t%s\t", (NR!=1)?"\n":"", $2, $3);
type=$2;
subtype=$3
}
{
# Prints all sample (column 1) values on the
# current output line.
printf("\"%s\" ", $1);
}
# prints a new line at the end of file.
END{
print "";
}
出力はscript.awk < input.lst
次のとおりです。script.awk
以前のスクリプトはどこにあり、input.lst
入力の例は何ですか?
Apples Red "Sample_1" "Sample_2" "Sample_3" "Sample_4" "Sample_5"
Apples Green "Sample_6" "Sample_7" "Sample_8" "Sample_9" "Sample_10"
Apples Yellow "Sample_11" "Sample_12" "Sample_13" "Sample_14" "Sample_15"
スクリプト出力は次のように簡単に操作できます。
script.awk < input.lst | while read TYPE SUBTYPE LIST
do
echo $TYPE
echo $SUBTYPE
for ITEM in $LIST
do
echo execute some command on $ITEM where type is $TYPE and subtype is $SUBTYPE
done
done
このスクリプトは非常に粗雑であることに注意してください。たとえば、エラー処理はなく、スペースや特殊文字の入力を確認しません。
答え3
以下のスクリプトを試してみて、うまくいきました。
for i in "Apples"; do for j in "Red" "Green" "Yellow"; do awk -v i="$i" -v j="$j" 'BEGIN{print "Below are table contains" " " i " and " " " j}$2==i && $NF==j{print $0}' filename; done; done
出力
Below are table contains Apples and Red
Sample_1 Apples Red
Sample_2 Apples Red
Sample_3 Apples Red
Sample_4 Apples Red
Sample_5 Apples Red
Below are table contains Apples and Green
Sample_6 Apples Green
Sample_7 Apples Green
Sample_8 Apples Green
Sample_9 Apples Green
Sample_10 Apples Green
Below are table contains Apples and Yellow
Sample_11 Apples Yellow
Sample_12 Apples Yellow
Sample_13 Apples Yellow
Sample_14 Apples Yellow
Sample_15 Apples Yellow