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bashのコマンドにテーブルの各行の値セットを割り当てます。

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bashのコマンドにテーブルの各行の値セットを割り当てます。

\ tで区切られた3つの列を持つtxtファイル（input.txt）があります。

62M__29_length_73210_cov_19.6684    28981-31993    minus
61M__32_length_66572_cov_22.1672    22311-25323    minus
60M__65_length_73281_cov_15.6315    28978-31990    minus
59M__78_length_80030_cov_19.1814    28973-31985    minus
58M__28_length_80029_cov_24.2362    28972-31984    minus
57M__31_length_73253_cov_24.4297    41300-44312    plus
56M__32_length_73450_cov_26.6071    28975-31987    minus
55M__29_length_73232_cov_26.5615    41244-44256    plus
54M__38_length_66570_cov_23.8255    41307-44319    plus

次のように、各行の値を使用してコマンドを実行する必要があります。

blastdbcmd -db mydatabase -entry "row_1_column_1" -range "row_1_column_2" -strand "row_1_column_3" -out out.fa

たとえば、行 1 の場合は次のようになります。

blastdbcmd -db mydatabase -entry 62M__29_length_73210_cov_19.6684 -range 28981-31993 -strand minus -out out.fa

答え1

そしてbash：

while IFS=$'\t' read -r entry range strand; do
  blastdbcmd -db mydatabase -entry "$entry" -range "$range" -strand "$strand" -out out.fa
done <input.txt

入力ファイルを1行ずつ読み、各行を3つのタブで区切られた変数に分割します。次に、この変数を使用してコマンドを実行します。

答え2

catはxargsに入力ファイルを追加し、必要なコマンドラインに再フォーマットします。次に、bashにコマンドラインを入力し、標準出力をout.faログファイルに保存します。

cat input.txt | xargs -r -l printf \
'blastdbcmd -db mydatabase -entry %s -range %s  -strand %s\n' | bash > out.fa

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