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一致する場合は、他のファイルの値に置き換える

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一致する場合は、他のファイルの値に置き換える

バリアント識別子chr：posを持つ.bimファイルと、chr：posおよびrs IDと一致するSNP list.fileがあります。

ファイル1（.bimファイル）：

1       1:10583         0       10583           G       A
1       1:10611         0       10611           G       C
... 
22      22:51242613     0       51242613        C       A
22      22:51243297     0       51243297        T       A

ファイル2（SNPリスト）：

rs99999 4:163870478
rs99998 4:117161848
...

file1の列2がfile2の列2（すべてchr：pos）と一致する場合は、file1の列2をfile2の列1に置き換え、それ以外の場合はfile1の列2を保持しようとします。

成功せず、次のスクリプトを試しましたが、置き換えは発生しません。誰でも助けることができますか？

awk -F"\t" -v OFS="\t" '{
    if (FNR==NR) {
        a[FNR]=$2;b[FNR]=$1}
    else {
        if (a[FNR] == $2) {
            $2=b[FNR]} else {$2=$2};
            print $0
        }
    }' file2 file1 > file1_update

答え1

BIMファイルと一致するrsIDのリストにエントリを追加しました。

$ cat file2.list 
rs99999 4:163870478
rs99998 4:117161848
rs123456 22:51242613

それから：

$ awk -F"\t" -v OFS="\t" '{ 
                            if(NR==FNR){
                                a[$2]=$1; next
                            }
                            if($2 in a){
                                $2=a[$2]
                            }
                         }1;' file2.list file1.bim 
1   1:10583 0   10583   G   A
1   1:10611 0   10611   G   C
... 
22  rs123456    0   51242613    C   A
22  22:51243297 0   51243297    T   A

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