最初の反復後にこのwhileループが終了するのはなぜですか？

whileループで特定のツール（NCBI Electronics Utility Suiteの）を使用しようとしているesearch間、非常に奇妙な状況に直面しました。これは、1行に1つずつ文字列のリストである入力ファイルです。

$ cat transcripts.list 
NR_169596.1
NR_169595.1
NR_169594.1

各文字列を引数として使用してコマンドを実行したいesearchので、次のようにします。

$ while read -r line; do echo "Line: $line"; esearch -db nucleotide -query "$line"; done <  transcripts.list 
Line: NR_169596.1
<ENTREZ_DIRECT>
  <Db>nucleotide</Db>
  <WebEnv>MCID_61bb689d20b59b3e2e2d405d</WebEnv>
  <QueryKey>1</QueryKey>
  <Count>1</Count>
  <Step>1</Step>
</ENTREZ_DIRECT>

echo単一の結果を実行することでわかるように、これは3つではなく1つの結果です。しかし、私が使うと悪い習慣 forリング：

$ for line in $(cat transcripts.list); do echo "Line: $line"; esearch -db nucleotide -query "$line"; done
Line: NR_169596.1
<ENTREZ_DIRECT>
  <Db>nucleotide</Db>
  <WebEnv>MCID_61bb68cabbe98560233344a7</WebEnv>
  <QueryKey>1</QueryKey>
  <Count>1</Count>
  <Step>1</Step>
</ENTREZ_DIRECT>
Line: NR_169595.1
<ENTREZ_DIRECT>
  <Db>nucleotide</Db>
  <WebEnv>MCID_61bb68cad05f5825d75e3ace</WebEnv>
  <QueryKey>1</QueryKey>
  <Count>1</Count>
  <Step>1</Step>
</ENTREZ_DIRECT>
Line: NR_169594.1
<ENTREZ_DIRECT>
  <Db>nucleotide</Db>
  <WebEnv>MCID_61bb68cb6bdec5435b5a41cb</WebEnv>
  <QueryKey>1</QueryKey>
  <Count>1</Count>
  <Step>1</Step>
</ENTREZ_DIRECT>

質問：どうやってこれができますか？特定のプログラムにどのようなバグがあっても、esearchループに影響を与えてはいけませんが、なぜ最初の反復後にシェルが終了するのですか？for仕事はどのようにwhile失敗することができますか？ここで彼らは何を変えていますか？

---

詳細については。

1. esearchコマンドの前に追加すると、echoループは期待どおりに機能するため、これはesearch特定のコマンドに関連する必要があります（しかし、これはどのようにシェルループを中断しますか？）。

   $ while read -r line; do echo esearch -db nucleotide -query "$line"; done <  transcripts.list 
   esearch -db nucleotide -query NR_169596.1
   esearch -db nucleotide -query NR_169595.1
   esearch -db nucleotide -query NR_169594.1
   

2. リスト自体に奇妙なことはありません。隠し文字なしで別のリストに再現できます。

   $ od -c transcripts.list 
   0000000   N   R   _   1   6   9   5   9   6   .   1  \n   N   R   _   1
   0000020   6   9   5   9   5   .   1  \n   N   R   _   1   6   9   5   9
   0000040   4   .   1  \n
   0000044
   

3. BashとDashで同じ動作が発生するため、PIPEFAILまたはそのようなものに関連することはできません。このコマンドの終了状態は何があってもゼロです。

    while read -r line; do esearch -db nucleotide -query "$line"; echo "EXIT: $?"; done <  transcripts.list 
   <ENTREZ_DIRECT>
     <Db>nucleotide</Db>
     <WebEnv>MCID_61bb69e71191d1185543b24a</WebEnv>
     <QueryKey>1</QueryKey>
     <Count>1</Count>
     <Step>1</Step>
   </ENTREZ_DIRECT>
   

4. これは、Ubuntu、bash、バージョン4.4.20（1）リリースを実行しているシステムで発生します。一度試したい場合は、を使ってefetchツールをインストールできます。sudo apt install ncbi-entrez-direct

5. ループで異なる言語を使用すると、期待どおりに機能します。たとえば、次のようになりますperl。

   $ perl -ne 'chomp;system("esearch -db nucleotide -query \"$_\"")' transcripts.list 
   <ENTREZ_DIRECT>
     <Db>nucleotide</Db>
     <WebEnv>MCID_61bb6c68d8f66e4bb03f00e8</WebEnv>
     <QueryKey>1</QueryKey>
     <Count>1</Count>
     <Step>1</Step>
   </ENTREZ_DIRECT>
   <ENTREZ_DIRECT>
     <Db>nucleotide</Db>
     <WebEnv>MCID_61bb6c69947ca95fce4d4f0f</WebEnv>
     <QueryKey>1</QueryKey>
     <Count>1</Count>
     <Step>1</Step>
   </ENTREZ_DIRECT>
   <ENTREZ_DIRECT>
     <Db>nucleotide</Db>
     <WebEnv>MCID_61bb6c6a85c14642940393f9</WebEnv>
     <QueryKey>1</QueryKey>
     <Count>1</Count>
     <Step>1</Step>
   </ENTREZ_DIRECT>