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ルートサーバーにアクセスできないため、ホームスペースにFASTQCをインストールする方法

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ルートサーバーにアクセスできないため、ホームスペースにFASTQCをインストールする方法

一部のデータに対してFASTQCを実行しようとしています。私はrootアクセス権のないサーバーで作業しています。サーバーへのrootアクセス権がなく、ファイルを解凍できないため、私のホームスペースにfastqcをインストールする方法を知っている人はいますか？

答え1

使用condaインストールするfastqc。私はconda別のツールに別の環境を使用することを好むが、YMMVです。biocondaチャンネルに含まれていない場合は、恒久的に追加するか、次のコマンドを使用して追加してください-c bioconda。

例:

# Install the most recent version of fastqc in environment 
# called also "fastqc" (or use a different name):

conda create -n fastqc fastqc

# Install a specific version of fastqc into its own environment:

conda create -n fastqc-0.11.9 fastqc=0.11.9

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