yum.repos.dとdnf repolistがインストールするリポジトリの数に同意しないようです。

/etc/yum.repos.d [count: 16] の (インストールされた?) リポジトリのリストは、dnf repolist --all [count: 42] からインポートされたインストールされたリポジトリの

リストとは大きく異なります。