ファイル1.txt
id No
gi|371443199|gb|JH556661.1| 7907290
gi|371443198|gb|JH556662.1| 7573913
gi|371443197|gb|JH556663.1| 7384412
gi|371440577|gb|JH559283.1| 6931777
ファイル2.txt
id P R S
gi|367088741|gb|AGAJ01056324.1| 5 5 0
gi|371443198|gb|JH556662.1| 2 2 0
gi|367090281|gb|AGAJ01054784.1| 4 4 0
gi|371440577|gb|JH559283.1| 21 19 2
出力.txt
id P R S NO
gi|371443198|gb|JH556662.1| 2 2 0 7573913
gi|371440577|gb|JH559283.1| 21 19 2 6931777
File1.txtには2つの列があり、File2.txtには4つの列があります。一意のIDを持つ2つのファイルを結合したい(配列[1]は2つのファイル(file1.txtとfile2.txt)で一致する必要があります)。一致するID出力のみを提供したいです(output.txtを参照)。
私は一生懸命働いたjoin -v <(sort file1.txt) <(sort file2.txt)
。 awkまたはJoinコマンドの助けを求めます。
答え1
join
良い結果:
$ join <(sort File1.txt) <(sort File2.txt) | column -t | tac
id No P R S
gi|371443198|gb|JH556662.1| 7573913 2 2 0
gi|371440577|gb|JH559283.1| 6931777 21 19 2
PS:出力列の順序は重要ですか?
その場合は、以下を使用してください。
$ join <(sort 1) <(sort 2) | tac | awk '{print $1,$3,$4,$5,$2}' | column -t
id P R S No
gi|371443198|gb|JH556662.1| 2 2 0 7573913
gi|371440577|gb|JH559283.1| 21 19 2 6931777
答え2
それを使用する1つの方法awk
:
コンテンツscript.awk
:
## Process first file of arguments. Save 'id' as key and 'No' as value
## of a hash.
FNR == NR {
if ( FNR == 1 ) {
header = $2
next
}
hash[ $1 ] = $2
next
}
## Process second file of arguments. Print header in first line and for
## the rest check if first field is found in the hash.
FNR < NR {
if ( $1 in hash || FNR == 1 ) {
printf "%s %s\n", $0, ( FNR == 1 ? header : hash[ $1 ] )
}
}
次のように実行します。
awk -f script.awk File1.txt File2.txt | column -t
結果は次のとおりです。
id P R S NO
gi|371443198|gb|JH556662.1| 2 2 0 7573913
gi|371440577|gb|JH559283.1| 21 19 2 6931777