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IDマッチングとオリジナルファイルの印刷

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IDマッチングとオリジナルファイルの印刷

ファイルが2つあります。

転載記事の出典：（5000アイテム）

Chr Position
chr1    879108
chr1    881918
chr1    896874
…

および対立遺伝子頻度を含むファイル（2000項目）

Chr Position MAF
chr1 881918  0.007   
chr1 979748  0.007   
chr1 1120377 0.007  
chr1 1178925 0.036

生ファイルを対立遺伝子の頻度と一致させ、5000個のエントリを含む出力ファイルを印刷したいと思います。 awkやsedでできますか？

Chr Position MAF
chr1    879108
chr1    881918 0.007
chr1    896874
…

答え1

私はjoinあなたに必要なものを使用して取得することができますawk

$ cat original 
chr1    879108
chr1    881918
chr1    896874
$ cat freq 
chr1 881918  0.007   
chr1 979748  0.007   
chr1 1120377 0.007  
chr1 1178925 0.036 
$ join -a1 -j 2 --nocheck-order original freq | awk '{print $2, $1, $4}'
chr1 879108 
chr1 881918 0.007
chr1 896874

これは、2番目のフィールドに一致する-a1最初のファイルのすべての行を印刷し、ソートされた入力をチェックしないことを意味します。パイプは柱を必要な形状に加工します。-j 2--nocheck-orderawk

答え2

次のことを試すこともできます。

awk 'NR==FNR{A[$1,$2]=$3; next} {$3=A[$1,$2]}1' file2 file

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