私は生物情報学を学びようとしています。私はLinux、Ubuntu、bash、Perl、Pythonなどの背景知識がありません。私は以前このコンピュータにインストールして使用したいくつかのプログラム、主にbioperlモジュールを使用しようとしています。
以前のバージョンは機能しているようですが、新しいバージョンは機能しません。具体的にはNCBI独自の爆発プログラムグループです。使用できますが、blastall使用できない場合やモジュールが存在し、実行可能ファイルとして表示される場合も同様です。私が得るエラーは 。blastnfastacmdblastdbcmdno such file or dir
このモジュールセットを削除して再インストールするにはどうすればよいですか？それとも別の理由がありますか？私は彼らがいるディレクトリで実行してみました。
答え1
スタンドアロンの実行可能ファイルとして使用しないでください。詳細を参照してくださいman bastall。たとえば、次のようになります。
blastall -p blastn -i input.fa -d nr
input.fafastaファイルを入力として使用して、nrデータベースに対してblastn検索が実行されます。通常、これらのプログラムを実行するには、以下を実行する必要があります。
blastall -p PROGRAM_NAME
ああ、これらはBioperlモジュールではありません。これらは独立したプログラムであり、Bioperlとは何の関係もありません。