awk/sed を使用して特定のフィールドから文字列を削除する

関数のフィールド区切り文字splitは正規表現なので、=ORに分割できます;。知っていたら$9 スタート「ID=」を使うと

awk -v OFS='\t' '
    $3 == "gene" {
        split($9, id, /[=;]/)
        print $1, $4, $5, id[2], $6, $7
    }
' genes.gff3

「ID =」が必ずしもフィールドの先頭にない場合でも、やるべきことがあります。

awk -v OFS='\t' '
    $3 == "gene" {
        id = ""
        len = split($9, f, /[=;]/)
        for (i=1; i<len; i++) {
            if (f[i] == "ID") {
                id = f[i+1]
                break
            }
        }
        print $1, $4, $5, id, $6, $7    
    }
' genes.gff3

あなたはできますsplit分野と用途substr通過：

split($9, a, ";")
print substr(a[1], 4)

awkインデックスはから始まります1。

別のオプションは、入力フィールド区切り文字（FS）を変更することです。 FS空白です。デフォルトは「」です。ここにも特殊効果があります。先行および末尾のスペースを無視。

print $1, \t, ...また、使用や変形の代わりにタブに設定することもできます。printfOFS

---

例:

FS修正：

awk -F" +|;|=" '

$3 == "gene" {
    printf("%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t\n",
    $1, $4, $5, $10, $6, $7);
}
' data.file

---

分割の使用：

awk '
$3 == "gene" {
    split($9, a, ";")
    printf("%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t\n",
    $1, $4, $5, substr(a[1], 3), $6, $7);
}
' data.file

---

OFSとFS：

出力フィールド区切り記号（OFS）をタブとして使用し、FSawkで上書きします。また、FSタブを含めるように更新されました。

awk '
BEGIN {
    FS="[ \t]+|;|="
    OFS="\t"
}
$3 == "gene" {
    print $1, $4, $5, $10, $6, $7
}

' data.file

---

また見てくださいグループを開く 変数と特殊変数、はい。

ゴークマニュアル- これは通常、awkのgawk拡張の場合に表示されます。

awk以下は、使用の明示的な要求にもかかわらず、公開できるBashソリューションですsed。

show_genes()
{
    local filename="$1"
    while read -ra larr; do
        if [[ ${larr[2]} = gene ]]; then
            larr[8]="${larr[8]%%;*}"
            larr[8]="${larr[8]#ID=}"
            printf '%s\n' "${larr[*]}"
        fi
    done < "$filename"
}

使用法:show_genes /path/to/some/file.txt

出力例：

[rany$] cat data.txt
romosome  1   249213345   .   .   .   ID=chr1;Name=chr1
chr1    GTF2GFF gene    11874   14408   .   +   .   ID=DDX11L1;Note=unknown;Name=DDX11L1
chr1    GTF2GFF exon    11874   12227   .   +   .   Parent=NR_046018_1
chr1    GTF2GFF exon    12613   12721   .   +   .   Parent=NR_046018_1
chr1    GTF2GFF exon    13221   14408   .   +   .   Parent=NR_046018_1
chr1    GTF2GFF gene    14362   29370   .   -   .   ID=WASH7P;Note=unknown;Name=WASH7P
chr1    GTF2GFF exon    14362   14829   .   -   .   Parent=NR_024540
chr1    GTF2GFF exon    14970   15038   .   -   .   Parent=NR_024540
chr1    GTF2GFF exon    15796   15947   .   -   .   Parent=NR_024540
chr1    GTF2GFF exon    16607   16765   .   -   .   Parent=NR_024540
chr1    GTF2GFF exon    16858   17055   .   -   .   Parent=NR_024540
chr1    GTF2GFF exon    17233   17368   .   -   .   Parent=NR_024540
chr1    GTF2GFF exon    17606   17742   .   -   .   Parent=NR_024540
chr1    GTF2GFF exon    17915   18061   .   -   .   Parent=NR_024540
chr1    GTF2GFF exon    18268   18366   .   -   .   Parent=NR_024540
chr1    GTF2GFF exon    24738   24891   .   -   .   Parent=NR_024540
chr1    GTF2GFF exon    29321   29370   .   -   .   Parent=NR_024540
chr1    GTF2GFF gene    34611   36081   .   -   .   ID=FAM138A;Note=unknown;Name=FAM138A
chr1    GTF2GFF exon    34611   35174   .   -   .   Parent=NR_026818
chr1    GTF2GFF exon    35277   35481   .   -   .   Parent=NR_026818
[rany$] show_genes data.txt
chr1 GTF2GFF gene 11874 14408 . + . DDX11L1
chr1 GTF2GFF gene 14362 29370 . - . WASH7P
chr1 GTF2GFF gene 34611 36081 . - . FAM138A
[rany$]

短いコーヒーブレーキの答え

perl -ne 's/\t.*?\tgene//            #remove \t F2 \t gene
      and s/\S*\tID=(.*?);.*/$1/     #remove \t Fn \t ID=.... keeping the id
      and print'  file