良いドキュメントクリーンアップユーティリティとは何ですか？ [閉鎖]

私は大学院生であり、学術論文をたくさん読まなければなりません。読むためにドキュメント（主にPDF）を整理するのに役立つLinux用のユーティリティがあるかどうか疑問に思います。

オープンソースユーティリティを使用するのが有利です。