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Perlスクリプトの空きメモリ

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Perlスクリプトの空きメモリ

これらすべての組み合わせを望んでいますが、メモリが不足しています。スクリプトからメモリを解放するには？

use strict;
use warnings;

use Algorithm::Combinatorics 'variations_with_repetition';

my @let = qw/ A G C T /;
my @cad = variations_with_repetition(\@let, 24);
print "@$_\n" for @cad;

答え1

解決策は単にを使用することですiterators。結果をvariations_with_repetitionスカラーに割り当てると、次の要素を取得するために毎回クエリできるイテレータが生成されます。これにより、リスト全体をメモリに保存する必要がなくなり、最初の要素にすぐにアクセスできます。という素敵なコンセプトです。怠惰な評価。あなたのケースのコードは次のとおりです。

use strict;
use warnings;
use Algorithm::Combinatorics 'variations_with_repetition';

my @let = qw / A G C T/;
my $cad = variations_with_repetition(\@let,24);
while(my $c = $cad->next)
{
    print "@$c\n";
}

イテレータは実際に配列への参照を返します。まず、これを逆参照してから組み合わせるか、必要な操作を実行する必要があります。

テスト結果：私は私のコンピュータで初期コードを実行することはできませんでした（メモリの使用量は予想通り無限に増加しました）、Perlはメモリをほとんど消費しない間、イテレータを使用してすぐに出力ラインを取得し始めました。

答え2

まあ、アルファベット（A、G、C、T）で単語を列挙することは、4進法で数字を数えるのと非常に似ています。これに注意してください（ヘッドへの呼び出しを削除してください。テストすると非常に長い出力が切り捨てられます）。

{ echo 4o; seq 0 $((4 ** 24 - 1)) | sed 's/$/p/'; } | dc | awk '{ printf "%024d\n", $1 }' | tr 0-4 AGCT | head

説明する：

  • echo 4odc4進数で出力を表すコマンドです。

  • seq24桁の4進数の全範囲を計算する必要があります。

  • sed各行に1を追加します。各番号を印刷するp必要があります（基本4を覚えておいてください）。dc

  • awk数字が24桁を印刷する前にゼロを十分に追加します。

  • tr数値（0、1、2、3）を文字（A、G、C、T）に変換します。

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