私は仮想マシンでWin10とUbuntu Server 14.04を実行しています。
/var/www私のWebサイトフォルダ（）をSamba（私が実行している）と共有しましたが、書き込みchown -R www-data:www-data可能です。私はSublime（Win10）を使ってファイルを編集しましたが、すべてが大丈夫です。
これで、nginxフォルダ（）に同じことを行うことで/etc/nginx編集やサイトの設定もできますが、nginx.conf書き込みはできません。
答え1
私はインターネットに接続しているどの種類のWebサーバーでもこれを行いません。しかし、これが気に入った場合は、ユーザーアカウントの代わりにrootとしてSambaにアクセスしてみてください。ユーザーのルートのパスワードを作成し、そのパスワードを使用して共有に接続してみてください。
smbpasswd -a root
Windowsからログアウトして再度ログインするのが最善です。 AFAIR Windowsは、サーバーへの認証された接続を1つだけサポートします。 （またはnetコマンドを使用してSambaサーバーとの接続を切断することもできますが、ログアウトが速くなります。）