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入力ファイルのリストを読み取る関数の作成

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入力ファイルのリストを読み取る関数の作成

私は生物情報学のパイプラインを作成しています。これらのパイプは入力ファイルを受け取り、複数のパッケージに渡します。

file1、file2、file3 ... file nを含むファイルのリストがあり、各ファイルにfunction1 -file 1 |という関数を適用したいとします。機能2 | function 3> file 1.outputしかし、forループを使用してファイル全体のリストに対してこれを行い、それに応じて出力ファイルにファイル名を割り当てるには、どのコマンドと構文を使用する必要がありますか？

答え1

あなたの質問の情報によると、これはあなたの要件を満たす必要があります。

for i in file1 file2 file3 file4 fileN
do
     function1 "$i"| function2 | function3 > "$i".output
done

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