スナップショットは元の色ではなくマスクされています。

私はキャプチャ画面を使いますgnome-screenshot 3.18.0。

キャプチャする領域を選択すると、その領域がマスクされて青色に変わります。

写真ファイルとして保存すると、スナップショットは元の色に戻ることが期待されますが、下の画像のようにそうではありません。