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存在しない場合は、あるファイルから別のファイルの文字列を見つけ、元のファイルから削除します。

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存在しない場合は、あるファイルから別のファイルの文字列を見つけ、元のファイルから削除します。

ファイル内の各行を調べて、他のテキストファイルのどの行でも行が一致しない場合は、元のファイルからその行を削除するスクリプトを作成しようとしています。

このスクリプトに必要な入出力の例は次のとおりです。

入力例：ファイル1（グループファイル）、

hello
hi hello
hi
great
interesting

           file 2: 
this is a hi you see
this is great don't ya think
sometimes hello is a good expansion of its more commonly used shortening hi
interesting how brilliant coding can be just wish i could get the hang of it

サンプルスクリプト出力 - ファイル1が次に変更されます。

hello
hi
great
interesting

hi helloそのため、2番目のファイルには存在しないため削除されました。

ここにスクリプトがあります。変数を生成するポイントまで動作するようです。

#take first line from stability.contigs.groups
echo | head -n1 ~/test_folder/stability.contigs.groups > ~/test_folder/ErrorFix.txt
#remove the last 5 character
sed -i -r '$ s/.{5}$//' ~/test_folder/ErrorFix.txt 

#find match of the word string in errorfix.txt in stability.trim.contigs.fasta if not found then delete the line containing the string in stability.contigs.groups
STRING=$(cat ~/test_folder/MothurErrorFix.txt)
FILE=~/test_folder/stability.trim.contigs.fasta
if [ ! -z $(grep "$STRING" "$FILE") ]
    then
        perl -e 's/.*\$VAR\s*\n//' ~/test_folder/stability.contigs.groups
fi

答え1

お持ちの場合は、gnu grep以下を実行できます。

grep -oFf file1 file2 | sort | uniq | grep -Ff - file1

grep中間行の順序を維持する必要がない場合は、最後の行を削除してくださいfile1。
アクセス権がない場合は、gnu grep次のようにしますawk。

awk 'NR==FNR{z[$0]++;next};{for (l in z){if (index($0, l)) y[l]++}}
END{for (i in y) print i}' file1 file2

答え2

その場合は、don_crisstiの（承認された）回答をお問い合わせくださいGNU grep。そうでない場合（たとえば、標準のMac OS Xでは機能しません）、このコードスニペットをbashスクリプトに保存することもできます。myconvert.sh

#!/bin/bash
while IFS='' read -r line || [[ -n "$line" ]]; do
    if ! grep -Fq "$line" $2
    then
        sed -i '' "/$(echo $line | sed -e 's/[]\/$*.^|[]/\\&/g')/d" $1
    fi
done < "$1"

2つのファイルを引数として使用して呼び出します。

./myconvert.sh file1 file2

しかし、while / readの使用と呼び出しの明白なパフォーマンスの欠点については、don_crisstiの専門家のコメントを参照してくださいsed。

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