pipでpywfdbのインストール失敗の問題を解決するには?

pipでpywfdbのインストール失敗の問題を解決するには?

条件:diffpywfdbからライブラリ/モジュールのインストールを除外できませんでした。条件:除外された依存関係が失敗しました:/ Ubuntuのデザインバグpip
pywfdb
upstartsystemdrunitここUbuntu> = 14.10以降の
設定

  • /usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
  • PYTHONPATHの空白$HOME/.bashrc

過度に記録された依存関係とダーティインストールを伴うワークフロー

  • Edwin Kessellのアドバイス:sudo apt-get install python-pyrex

    Reading package lists... Done
    Building dependency tree
    Reading state information... Done
    The following NEW packages will be installed:
    python-pyrex
    0 upgraded, 1 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.         2 not fully installed or removed.
    Need to get 181 kB of archives.
    After this operation, 996 kB of additional disk space will be used.
    Get:1 http://archive.ubuntu.com/ubuntu xenial/main amd64 python-pyrex all 0.9.8.5-2.1ubuntu1 [181 kB]
    Fetched 181 kB in 0s (356 kB/s)      
    Selecting previously unselected package python-pyrex.
    (Reading database ... 434011 files and directories currently installed.)
    Preparing to unpack .../python-pyrex_0.9.8.5-2.1ubuntu1_all.deb ...
    Unpacking python-pyrex (0.9.8.5-2.1ubuntu1) ...
    Processing triggers for doc-base (0.10.7) ...
    Processing 1 added doc-base file...
    Registering documents with scrollkeeper...
    Processing triggers for man-db (2.7.5-1) ...
    Setting up runit (2.1.2-3ubuntu1) ...
    - -
    Setting up python-pyrex (0.9.8.5-2.1ubuntu1) ...
    - -
    
  • 汚れた設置作業フロー、設置後の清掃なし、pip実行する作業の確認sudo -H pip install --no-clean pywfdb

    Collecting pywfdb
      Using cached pywfdb-0.1.1.zip
    Building wheels for collected packages: pywfdb
      Running setup.py bdist_wheel for pywfdb ... error
      Complete output from command /usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" bdist_wheel -d /tmp/tmpemnpLdpip-wheel- --python-tag cp27:
      running bdist_wheel
      running build
      running build_py
      creating build
      creating build/lib.linux-x86_64-2.7
      creating build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb
      copying pywfdb/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb
      copying pywfdb/ecgcodes.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb
      package init file 'example/__init__.py' not found (or not a regular file)
      creating build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example
      copying example/readinfo.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example
      copying example/plot.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example
      running build_ext
      building 'pywfdb._pywfdb' extension
      creating build/temp.linux-x86_64-2.7
      creating build/temp.linux-x86_64-2.7/pywfdb
      creating build/temp.linux-x86_64-2.7/wfdb-10.4.4
      creating build/temp.linux-x86_64-2.7/wfdb-10.4.4/lib
      x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fno-strict-aliasing -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -fPIC -I./wfdb-10.4.4/lib -I/usr/include/python2.7 -c pywfdb/_pywfdb.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/pywfdb/_pywfdb.o -Wno-uninitialized -Wno-unused
      pywfdb/_pywfdb.c:15:22: fatal error: ecgcodes.h: No such file or directory
      #include "ecgcodes.h"
                            ^
      compilation terminated.
      error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1
    
      ----------------------------------------
      Failed building wheel for pywfdb
      Running setup.py clean for pywfdb
      Failed to build pywfdb
     Installing collected packages: pywfdb
     Running setup.py install for pywfdb ... error
        Complete output from command /usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-gdKcwF-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile:
        running install
        running build
        running build_py
        creating build
        creating build/lib.linux-x86_64-2.7
        creating build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb
        copying pywfdb/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb
        copying pywfdb/ecgcodes.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb
        package init file 'example/__init__.py' not found (or not a regular file)
        creating build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example
        copying example/readinfo.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example
        copying example/plot.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example
        running build_ext
        building 'pywfdb._pywfdb' extension
        creating build/temp.linux-x86_64-2.7
        creating build/temp.linux-x86_64-2.7/pywfdb
        creating build/temp.linux-x86_64-2.7/wfdb-10.4.4
        creating build/temp.linux-x86_64-2.7/wfdb-10.4.4/lib
        x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fno-strict-aliasing -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -fPIC -I./wfdb-10.4.4/lib -I/usr/include/python2.7 -c pywfdb/_pywfdb.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/pywfdb/_pywfdb.o -Wno-uninitialized -Wno-unused
        pywfdb/_pywfdb.c:15:22: fatal error: ecgcodes.h: No such file or directory
        #include "ecgcodes.h"
                             ^
        compilation terminated.
        error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1
    
        ----------------------------------------
        Command "/usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-gdKcwF-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/
    

開いている

  • なぜpywfdbビルドホイールが失敗しました。
  • ログ全体で次のエラーを再現するのはなぜですか?

    Command "/usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-gdKcwF-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/
    

トラブルシューティング

wfdbPipローカルモジュール、Adamの最初のコマンドセットが見つけたものは表示されません。

" https://stackoverflow.com/a/23885252/54964 "
['adium-theme-ubuntu==0.3.4', 'alabaster==0.7.8', 'auxlib==0.0.37', 'babel==2.3.4', 'backports-abc==0.4', 'backports.shutil-get-terminal-size==1.0.0', 'backports.ssl-match-hostname==3.5.0.1', 'beautifulsoup4==4.4.1', 'ccsm==0.9.12.2', 'certifi==2016.2.28', 'chardet==2.3.0', 'compizconfig-python==0.9.12.2', 'configparser==3.5.0', 'cycler==0.10.0', 'decorator==4.0.9', 'docutils==0.12', 'duplicity==0.7.6', 'entrypoints==0.2.2', 'enum34==1.1.6', 'functools32==3.2.3.post2', 'futures==3.0.5', 'html5lib==0.999', 'httplib2==0.9.1', 'imagesize==0.7.1', 'ipykernel==4.3.1', 'ipyparallel==5.0.1', 'ipython-genutils==0.1.0', 'ipython==4.2.0', 'ipywidgets==5.1.5', 'jinja2==2.8', 'jsonschema==2.5.1', 'jupyter-client==4.2.2', 'jupyter-core==4.1.0', 'lockfile==0.12.2', 'lxml==3.5.0', 'markupsafe==0.23', 'matlab-kernel==0.9.6', 'matplotlib==1.5.1', 'metakernel==0.13.0', 'mistune==0.7.2', 'nbconvert==4.2.0', 'nbformat==4.0.1', 'nose==1.3.7', 'notebook==4.2.1', 'numpy==1.11.0', 'pandas==0.18.1', 'path.py==8.2.1', 'pathlib2==2.1.0', 'pdfshuffler==0.6.0', 'pexpect==4.1.0', 'pickleshare==0.7.2', 'pillow==3.1.2', 'pip==8.1.2', 'ptyprocess==0.5.1', 'pycosat==0.6.1', 'pycurl==7.43.0', 'pygments==2.1.3', 'pygobject==3.20.0', 'pyicu==1.9.2', 'pymatbridge==0.5.2', 'pymysql==0.7.2', 'pyparsing==2.1.4', 'pypdf==1.13', 'python-dateutil==2.5.3', 'python-djvulibre==0.7', 'pytz==2016.4', 'pyxdg==0.25', 'pyyaml==3.11', 'pyzmq==15.2.0', 'qtconsole==4.2.1', 'requests==2.10.0', 'scour==0.32', 'setuptools==22.0.5', 'simplegeneric==0.8.1', 'singledispatch==3.4.0.3', 'six==1.10.0', 'snowballstemmer==1.2.1', 'sphinx==1.4.3', 'subprocess32==3.2.6', 'terminado==0.6', 'testpath==0.3', 'tornado==4.3', 'traitlets==4.2.1', 'unity-lens-photos==1.0', 'wheel==0.29.0', 'widgetsnbextension==1.2.3']

パッケージ/モジュール/ライブラリ情報のテストコマンドが失敗しました。

  • pip search wfdb与えられたので、pywfdb (0.1.1) - Python interface to WFDB library利用可能なモジュールも含まれていることを願っていますimport
  • find /usr/local/lib/python2.7/dist-packages -name '*wfdb*'空白を返します。
  • pip list |grep wfdb空白を返します。
  • pip show pywfdb空白を返します。

テストコードはモジュールが見つからないことを示します。

" http://www.pybytes.com/pywfdb/ "
import pywfdb

検索モジュールをお試しください

  • /usr/lib/python<version>/site-packages説明どおりにインストールされていないため、通常のPythonパッケージのようにインストールされません。ここ/usr/local/lib/python2.7/;すべてのディレクトリ(および)を検索しました/usr/local/lib/python3.5/

  • dist-packagesベースではない回答。コマンドはls /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ | grep wfdb空白を返します。

  • >>> import site; site.getsitepackages()出力を提供します

    ['/usr/local/lib/python2.7/dist-packages', '/usr/lib/python2.7/dist-packages']
    

    ls /usr/local/lib/python2.7/dist-packages | grep wfdbそして空の出力ls /usr/lib/python2.7/dist-packages | grep wfdb

システム:Linux Ubuntu 16.04 64ビット
Linuxカーネル:4.6
Linuxカーネルオプション:wl
ハードウェア:Macbook Air 2013-mid
Python:2.7.11+
Pip:最新(8.1.2)最新のpippip install --upgrade pipを返すRequirement already up-to-date: pip in /home/masi/.local/lib/python2.7/site-packages
基準寸法: Bashpip freeze --local | grep -v '^\-e' | cut -d = -f 1 | xargs -n1 pip install -U以前に完了しました
:4.3.46(1)-release (x86_64-pc-linux-gnu)

答え1

上記の答えを広げて正しい方向を示しましたが、いくつかの主要なステップをスキップしました。

免責事項:私は経験豊富なLinuxユーザーではありませんが、これはDigitalOcean Ubuntuを新しくインストールした場合に機能します。

  1. 依存関係(まだ存在しない場合):

    • $ sudo apt-get install python-dev python-pip python-pyrex unzip
  2. WFDBソースコードを以下からダウンロードしてください。www.physionet.org/physiotools/wfdb.tar.gz

    • 解凍する~/
  3. WFDB Cライブラリのコンパイルとインストール

    • @~/wfdb-10.5.24/wfdb$ ./configure --without-netfiles --static --static_only
    • (チュートリアルは次の場所にあります。http://www.pybytes.com/pywfdb/--without-netfilesスイッチを使用しなければならないというのに問題はありませんでした。いいえそれを使用しますが、phyonetからPythonラッパーをインポートできないため、使用する必要があります)
    • @~/wfdb-10.5.24/wfdb$ sudo make install
    • @~/wfdb-10.5.24/wfdb$ make check
  4. ソースからpywfdbをダウンロードするpypi.python.org/packages/source/p/pywfdb/pywfdb-0.1.1.zip

    • 解凍する~/
  5. 編集する~/pywfdb-0.1.1/pywfdb/_pywfdb.c

    • 15、16、17行\*.hに交換<wfdb/*.h>
  6. 編集する~/pywfdb-0.1.1/setup.py

    • 14、15行目で次のよう./wfdb-10.4.4/に置き換えます(または抽出するたびにエイリアスが機能しない)。/home/username/wfdb-10.5.24/~/
  7. @/usr/include$ ln -s /usr/local/include/wfdb wfdb

  8. @~/pywfdb$ sudo python setup.py install

  9. (上記の答えはここで終わりますが、実際にPythonにライブラリをインポートするにはこの追加手順が必要です)@/usr/lib/python2.7/dist-packages$ ln -s /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pywfdb pywfdb

答え2

飲む、

いよいよ図書館を運営できるようになりました。私のステップは次のとおりです。

  1. wfdb-10.5.24phyonetのウェブサイトからダウンロード
  2. コンパイルとインストール
  3. cd /usr/include
    sudo ln -s /usr/local/include/wfdb wfdb
    
  4. sudo apt-get install python-pyrex
  5. テキストエディタを使用してこのファイルを開き、pywfdb/_pywfdb.c次の行を次に置き換えます。

    #include <wfdb/ecgcodes.h>
    #include <wfdb/ecgmap.h>
    #include <wfdb/wfdb.h>
    
  6. ファイルの14行目と15行目にディレクトリsetup.pyパスを入力してください。wfdb-10.5.24/lib

  7. python setup.py install

Linux:Ubuntu 16.04

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