条件:diffpywfdb
からライブラリ/モジュールのインストールを除外できませんでした。条件:除外された依存関係が失敗しました:/ Ubuntuのデザインバグpip
pywfdb
upstart
systemd
runit
ここUbuntu> = 14.10以降の
設定
- 道
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
- PYTHONPATHの空白
$HOME/.bashrc
過度に記録された依存関係とダーティインストールを伴うワークフロー
Edwin Kessellのアドバイス:
sudo apt-get install python-pyrex
Reading package lists... Done Building dependency tree Reading state information... Done The following NEW packages will be installed: python-pyrex 0 upgraded, 1 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. 2 not fully installed or removed. Need to get 181 kB of archives. After this operation, 996 kB of additional disk space will be used. Get:1 http://archive.ubuntu.com/ubuntu xenial/main amd64 python-pyrex all 0.9.8.5-2.1ubuntu1 [181 kB] Fetched 181 kB in 0s (356 kB/s) Selecting previously unselected package python-pyrex. (Reading database ... 434011 files and directories currently installed.) Preparing to unpack .../python-pyrex_0.9.8.5-2.1ubuntu1_all.deb ... Unpacking python-pyrex (0.9.8.5-2.1ubuntu1) ... Processing triggers for doc-base (0.10.7) ... Processing 1 added doc-base file... Registering documents with scrollkeeper... Processing triggers for man-db (2.7.5-1) ... Setting up runit (2.1.2-3ubuntu1) ... - - Setting up python-pyrex (0.9.8.5-2.1ubuntu1) ... - -
汚れた設置作業フロー、設置後の清掃なし、
pip
実行する作業の確認sudo -H pip install --no-clean pywfdb
Collecting pywfdb Using cached pywfdb-0.1.1.zip Building wheels for collected packages: pywfdb Running setup.py bdist_wheel for pywfdb ... error Complete output from command /usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" bdist_wheel -d /tmp/tmpemnpLdpip-wheel- --python-tag cp27: running bdist_wheel running build running build_py creating build creating build/lib.linux-x86_64-2.7 creating build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb copying pywfdb/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb copying pywfdb/ecgcodes.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb package init file 'example/__init__.py' not found (or not a regular file) creating build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example copying example/readinfo.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example copying example/plot.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example running build_ext building 'pywfdb._pywfdb' extension creating build/temp.linux-x86_64-2.7 creating build/temp.linux-x86_64-2.7/pywfdb creating build/temp.linux-x86_64-2.7/wfdb-10.4.4 creating build/temp.linux-x86_64-2.7/wfdb-10.4.4/lib x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fno-strict-aliasing -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -fPIC -I./wfdb-10.4.4/lib -I/usr/include/python2.7 -c pywfdb/_pywfdb.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/pywfdb/_pywfdb.o -Wno-uninitialized -Wno-unused pywfdb/_pywfdb.c:15:22: fatal error: ecgcodes.h: No such file or directory #include "ecgcodes.h" ^ compilation terminated. error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1 ---------------------------------------- Failed building wheel for pywfdb Running setup.py clean for pywfdb Failed to build pywfdb Installing collected packages: pywfdb Running setup.py install for pywfdb ... error Complete output from command /usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-gdKcwF-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile: running install running build running build_py creating build creating build/lib.linux-x86_64-2.7 creating build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb copying pywfdb/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb copying pywfdb/ecgcodes.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb package init file 'example/__init__.py' not found (or not a regular file) creating build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example copying example/readinfo.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example copying example/plot.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example running build_ext building 'pywfdb._pywfdb' extension creating build/temp.linux-x86_64-2.7 creating build/temp.linux-x86_64-2.7/pywfdb creating build/temp.linux-x86_64-2.7/wfdb-10.4.4 creating build/temp.linux-x86_64-2.7/wfdb-10.4.4/lib x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fno-strict-aliasing -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -fPIC -I./wfdb-10.4.4/lib -I/usr/include/python2.7 -c pywfdb/_pywfdb.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/pywfdb/_pywfdb.o -Wno-uninitialized -Wno-unused pywfdb/_pywfdb.c:15:22: fatal error: ecgcodes.h: No such file or directory #include "ecgcodes.h" ^ compilation terminated. error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1 ---------------------------------------- Command "/usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-gdKcwF-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/
開いている
- なぜpywfdbビルドホイールが失敗しました。?
ログ全体で次のエラーを再現するのはなぜですか?
Command "/usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-gdKcwF-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/
トラブルシューティング
wfdb
Pipローカルモジュール、Adamの最初のコマンドセットが見つけたものは表示されません。
" https://stackoverflow.com/a/23885252/54964 "
['adium-theme-ubuntu==0.3.4', 'alabaster==0.7.8', 'auxlib==0.0.37', 'babel==2.3.4', 'backports-abc==0.4', 'backports.shutil-get-terminal-size==1.0.0', 'backports.ssl-match-hostname==3.5.0.1', 'beautifulsoup4==4.4.1', 'ccsm==0.9.12.2', 'certifi==2016.2.28', 'chardet==2.3.0', 'compizconfig-python==0.9.12.2', 'configparser==3.5.0', 'cycler==0.10.0', 'decorator==4.0.9', 'docutils==0.12', 'duplicity==0.7.6', 'entrypoints==0.2.2', 'enum34==1.1.6', 'functools32==3.2.3.post2', 'futures==3.0.5', 'html5lib==0.999', 'httplib2==0.9.1', 'imagesize==0.7.1', 'ipykernel==4.3.1', 'ipyparallel==5.0.1', 'ipython-genutils==0.1.0', 'ipython==4.2.0', 'ipywidgets==5.1.5', 'jinja2==2.8', 'jsonschema==2.5.1', 'jupyter-client==4.2.2', 'jupyter-core==4.1.0', 'lockfile==0.12.2', 'lxml==3.5.0', 'markupsafe==0.23', 'matlab-kernel==0.9.6', 'matplotlib==1.5.1', 'metakernel==0.13.0', 'mistune==0.7.2', 'nbconvert==4.2.0', 'nbformat==4.0.1', 'nose==1.3.7', 'notebook==4.2.1', 'numpy==1.11.0', 'pandas==0.18.1', 'path.py==8.2.1', 'pathlib2==2.1.0', 'pdfshuffler==0.6.0', 'pexpect==4.1.0', 'pickleshare==0.7.2', 'pillow==3.1.2', 'pip==8.1.2', 'ptyprocess==0.5.1', 'pycosat==0.6.1', 'pycurl==7.43.0', 'pygments==2.1.3', 'pygobject==3.20.0', 'pyicu==1.9.2', 'pymatbridge==0.5.2', 'pymysql==0.7.2', 'pyparsing==2.1.4', 'pypdf==1.13', 'python-dateutil==2.5.3', 'python-djvulibre==0.7', 'pytz==2016.4', 'pyxdg==0.25', 'pyyaml==3.11', 'pyzmq==15.2.0', 'qtconsole==4.2.1', 'requests==2.10.0', 'scour==0.32', 'setuptools==22.0.5', 'simplegeneric==0.8.1', 'singledispatch==3.4.0.3', 'six==1.10.0', 'snowballstemmer==1.2.1', 'sphinx==1.4.3', 'subprocess32==3.2.6', 'terminado==0.6', 'testpath==0.3', 'tornado==4.3', 'traitlets==4.2.1', 'unity-lens-photos==1.0', 'wheel==0.29.0', 'widgetsnbextension==1.2.3']
パッケージ/モジュール/ライブラリ情報のテストコマンドが失敗しました。
pip search wfdb
与えられたので、pywfdb (0.1.1) - Python interface to WFDB library
利用可能なモジュールも含まれていることを願っていますimport
。find /usr/local/lib/python2.7/dist-packages -name '*wfdb*'
空白を返します。pip list |grep wfdb
空白を返します。pip show pywfdb
空白を返します。
テストコードはモジュールが見つからないことを示します。
" http://www.pybytes.com/pywfdb/ "
import pywfdb
検索モジュールをお試しください
/usr/lib/python<version>/site-packages
説明どおりにインストールされていないため、通常のPythonパッケージのようにインストールされません。ここ/usr/local/lib/python2.7/
;すべてのディレクトリ(および)を検索しました/usr/local/lib/python3.5/
。dist-packages
ベースではない回答。コマンドはls /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ | grep wfdb
空白を返します。>>> import site; site.getsitepackages()
出力を提供します['/usr/local/lib/python2.7/dist-packages', '/usr/lib/python2.7/dist-packages']
ls /usr/local/lib/python2.7/dist-packages | grep wfdb
そして空の出力ls /usr/lib/python2.7/dist-packages | grep wfdb
。
システム:Linux Ubuntu 16.04 64ビット
Linuxカーネル:4.6
Linuxカーネルオプション:wl
ハードウェア:Macbook Air 2013-mid
Python:2.7.11+
Pip:最新(8.1.2)最新のpippip install --upgrade pip
を返すRequirement already up-to-date: pip in /home/masi/.local/lib/python2.7/site-packages
基準寸法: Bashpip freeze --local | grep -v '^\-e' | cut -d = -f 1 | xargs -n1 pip install -U
以前に完了しました
:4.3.46(1)-release (x86_64-pc-linux-gnu)
答え1
上記の答えを広げて正しい方向を示しましたが、いくつかの主要なステップをスキップしました。
免責事項:私は経験豊富なLinuxユーザーではありませんが、これはDigitalOcean Ubuntuを新しくインストールした場合に機能します。
依存関係(まだ存在しない場合):
$ sudo apt-get install python-dev python-pip python-pyrex unzip
WFDBソースコードを以下からダウンロードしてください。
www.physionet.org/physiotools/wfdb.tar.gz
- 解凍する
~/
- 解凍する
WFDB Cライブラリのコンパイルとインストール
@~/wfdb-10.5.24/wfdb$ ./configure --without-netfiles --static --static_only
- (チュートリアルは次の場所にあります。http://www.pybytes.com/pywfdb/
--without-netfiles
スイッチを使用しなければならないというのに問題はありませんでした。いいえそれを使用しますが、phyonetからPythonラッパーをインポートできないため、使用する必要があります) @~/wfdb-10.5.24/wfdb$ sudo make install
@~/wfdb-10.5.24/wfdb$ make check
ソースからpywfdbをダウンロードする
pypi.python.org/packages/source/p/pywfdb/pywfdb-0.1.1.zip
- 解凍する
~/
- 解凍する
編集する
~/pywfdb-0.1.1/pywfdb/_pywfdb.c
- 15、16、17行
\*.h
に交換<wfdb/*.h>
- 15、16、17行
編集する
~/pywfdb-0.1.1/setup.py
- 14、15行目で次のよう
./wfdb-10.4.4/
に置き換えます(または抽出するたびにエイリアスが機能しない)。/home/username/wfdb-10.5.24/
~/
- 14、15行目で次のよう
@/usr/include$ ln -s /usr/local/include/wfdb wfdb
@~/pywfdb$ sudo python setup.py install
(上記の答えはここで終わりますが、実際にPythonにライブラリをインポートするにはこの追加手順が必要です)
@/usr/lib/python2.7/dist-packages$ ln -s /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pywfdb pywfdb
答え2
飲む、
いよいよ図書館を運営できるようになりました。私のステップは次のとおりです。
wfdb-10.5.24
phyonetのウェブサイトからダウンロード- コンパイルとインストール
cd /usr/include sudo ln -s /usr/local/include/wfdb wfdb
sudo apt-get install python-pyrex
テキストエディタを使用してこのファイルを開き、
pywfdb/_pywfdb.c
次の行を次に置き換えます。#include <wfdb/ecgcodes.h> #include <wfdb/ecgmap.h> #include <wfdb/wfdb.h>
ファイルの14行目と15行目にディレクトリ
setup.py
パスを入力してください。wfdb-10.5.24/lib
python setup.py install
Linux:Ubuntu 16.04